生物导体3.22已发布

基因组范围

这是释放GenomicRanges版本;有关devel版本,请参见基因组范围.

基因组区间的表示和操作


生物导体版本:释放(3.22)

在分析高通量测序数据(即NGS数据)时,有效表示和操作基因组注释和比对的能力发挥着核心作用。GenomicRanges包定义了通用容器,用于存储和操作基因组间隔和基因组中定义的变量。GenomicAlignments和SummarizedExperiment包中分别定义了用于表示和操作参考基因组的短比对或实验的矩阵式摘要的更专用容器。这两个包都建立在GenomicRanges基础设施之上。

作者:Patrick Aboyoun[aut]、HervéPagès[aut,cre]、Michael Lawrence[aut]、Sonali Arora[ctb]、Martin Morgan[ctb]、Kayla Morrell[ctb'、Valerie Obenchain[ctb]、Marcel Ramos[ctb'、Lori Shepherd[ctb]、Dan Tenenbaum[ctb]:Daniel van Twisk

维护人员:HervéPagès<hpages.on.github at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“基因组学范围”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.5”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“GenomicRanges”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“基因组范围”)
1.GenomicRanges软件包简介 HTML格式 R脚本
2.基因组范围HOWTO PDF格式 R脚本
3.快速介绍GRanges和GRangesList对象(幻灯片) PDF格式 R脚本
4.你不知道的十件事(生物多样性2016幻灯片) PDF格式 R脚本
5.扩大基因组范围 PDF格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 注释,新闻报道,数据表示,遗传学,基因组注释,基础设施,排序,软件
版本 1.62.1
在生物导体中 BioC 2.6(R-2.11)(16年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=4.0.0),方法,统计4,生物遗传学(>= 0.53.2),S4载体(>= 0.45.2),I范围(>= 2.43.6),塞钦福(>= 0.99.3)
进口 实用程序,统计
系统要求
统一资源定位地址 https://bioconductor.org/packages/GenomicRanges网站
错误报告 https://github.com/Bioconductor/GenomicRanges/issues网站
查看更多
建议 基因组信息Db,博科生物,注释Dbi,注释,生物串(>= 2.77.2),总结性实验(>= 1.39.1),Rsamtools软件,基因组比对,牛基因组,基因组特征,UCSC.utils公司,txdb制造商,Gviz公司,变量注释,批注中心,DESeq2公司,DEXSeq公司,边缘R,KEG图形,RNAseq数据。HNRNPC.bam.chr14号机组,pasillaBamSubset系列,KEGGREST公司,hgu95av2.db型,hgu95av2探头,英国基因组。Scerevisiae公司。UCSC.sacCer2,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学旧金山分校hg38,英国基因组。姆穆苏卢斯。UCSC毫米10,TxDb(发送日期)。阿塔利亚纳。BioMart.plantsmart22,TxDb(发送日期)。梅勒诺加斯特。UCSC.dm3.ensGene公司,TxDb(发送日期)。哈皮恩斯。UCSC.hg38.known基因,TxDb(发送日期)。姆穆苏卢斯。UCSC.mm10.known基因,RUnit(运行单位),消化,针织物,rmarkdown公司,仿生风格
链接到 S4载体,I范围
增强功能
取决于我 雪花石膏.范围,过敏性失衡,annmap(自动地图),注释中心数据,BaalChIP公司,基本4Cseq,贝塔HMM,绑定SiteFinder,生物病毒RCNS,业务连续性,英国广播公司,断点R,牛基因组,bsseq公司,颠簸猎人,咖啡馆,CAGEfightR公司,卡斯珀,奇姆拉维兹,ChIPpeakAnno公司,芯片序列,色度图,cn.mops(中文),中国通用汽车公司,CNV电池,CNV愤怒,可可,科吉托,compEpiTools公司,寻求共识,CSAR公司,计算机辅助焊接,CSSQ公司,深SNV,德斯卡纳2,DESeq2公司,DEXSeq公司,差异绑定,差异Hic,DMCFB公司,DMCHMM公司,DMR调用者,DNAshapeR公司,轻松自如,强化热图,集成数据库,esATAC公司,ExCluster(执行群集),额外ChIP,fastseg公司,fCCAC公司,结果IT2,基因突变,基因组比对,基因组分布,基因组特征,基因组文件,GenomicOZone基因,基因组图,基因组得分,基因组二联体,gmapR,格莫维兹,GOTHiC公司,灰色列表ChIP,格罗HMM,格特里斯,指南eq,吉他,Gviz公司,HelloRanges(HelloRange),HERON公司,HiCDOC公司,HiTC公司,IdeoViz公司,igvR型,igv闪亮,InTAD公司,因坦斯夫,交互集,内部专家,IWTomics公司,核倍体R,链接集,m6增压,微波激射器,MBASED标准,元基因2,方法插补,有条不紊的,甲基试剂盒,甲基管,米菲,MotifDb公司,motif测试R,消息bsR,突变模式,NADfinder,oncscanR公司,ORFik公司,周期性DNA,plyranges系列,podkat公司,QuasR公司,r3序列,Ragged实验,补偿,区域R,rGREAT公司,核糖SeqR,核糖体轮廓QC,RJMCMC核小体,RNAmodR(无线电导航修改器),Rn珠子,Rsamtools软件,RSV模拟,rtracklayer公司,比例尺4C,范围,段序列,seqCAT,SeqGate公司,SGSeq公司,SIC工具,猛打,SNPhood公司,躯体特征,尖刺状的,结构变量注释,总结性实验,svaNUMT公司,svaRetro公司,塔达尔,坦桑尼亚先令,trackViewer,变速箱R,traseR(轨道交通),tRNA,tRNAdb导入,tRNAscanImport(tRNAscan导入),txdb制造商,VanillaICE公司,VarCon公司,变量注释,变量工具,VplotR文件,vtpnet(vtpnet),乌尔坎人,wavClusteR(波浪俱乐部),雅加达,欧洲路径数据库,排除物,UCSC重复遮罩,ChAMP数据,伊顿EtAlChIPseq,空范围数据,Rn珠子.hg19,Rn珠子.hg38,Rn珠子.mm10,Rn珠子.mm9,Rn珠子.rn5,WGSmapp公司,提升(liftOver),排序,等离子体突变检测器,rna交叉链接OO
导入我 王牌,雪花石膏.se,ALDEx2型,放大器,注释筛选器,注释器,阿佩格尔姆,大约8R,ASpli公司,评估员,ATACseqQC公司,ATACseqTFEA公司,阿泰纳,BadRegionFinder(错误区域查找器),舞会礼服,班布,竹信号,bay序列,BBC分析仪,跳动,基层工,双场效应晶体管,生物.gff,生物技术信息平台,biovizBase公司,饼干商,业务连续性,BOBaFIT公司,北极光,BREW3R公司。第页,BSgenomeForge公司,BUSpaRse公司,篮球运动员,CAGEr公司,卡德利诺,cBioPortalData公司,CexoR公司,cfdnakit公司,cfDNAPro公司,cf工具,芯片富集,ChIPexoQual公司,ChIP寻求者,芯片序列,ChIPseqR公司,chrom绘制,色温图,ChromS磁带,色度VAR,西塞罗,循环RNA分析器,清理上TSeq,清理UpRNAseq,cliProfiler(剪辑档案器),中国能源研究院,CNV过滤器,CNViz公司,CNV计量,coMethDMR公司,漏斗,复制数字图,封面视图,crispr底座,crispr蝴蝶结,crispr设计,CRISPseek公司,脆皮RVariants,crisprViz公司,crupR(碎屑R),CTexplorerR公司,DAME查找器,少女,清理机,去肿瘤2Sig,去变频,D格式,DegCre公司,DegNorm(度正常),增量捕获C,测深仪,derfinder图,DEWSeq公司,差速器,恐龙,DMR调用者,DMR类别,数据管理服务,DNA融合,多米诺效应,双重麻烦,DRIMSeq公司,DropletUtils公司,双面打印DiscovereR,easyRNA序列,EDASeq公司,EDIR查询,环境影响评估报告,ELMER公司,ELViS公司,enhancer同源搜索,表等位基因R,EpiCompare公司,流行病学家,会厌HMM,EpiMix公司,表观突变子,表调节子,套头衫,EpiTxDb公司,epivizr公司,epivizrData公司,事件指针,fc扫描,过滤器FFPE,鱼塘,火焰,弗雷泽,G4SNV计数器,GA4GH客户端,gcapc公司,gDNAx公司,基因属性,起源,基因组学,基因组自同构,基因组间隔,基因组比对,基因组数据共享,基因组相互作用节点,基因组相互作用,GenVisR系统,geomeTriD公司,ggbio公司,戈法纳,格拉夫根,GRaNIE公司,格文,格瓦斯卡特,h5vc公司,热浪,爱马仕,HicAggR公司,HiCaptuRe公司,HiC支架,HiC比较,HiCE实验,Hi联系人,HiCParser,HiCPotts(HiCPott),hicVenn图,HilbertC曲线,HiLDA公司,蜂鸟,冰茶,理想的,编号2d,监督,ipdDb接口,IsoformSwitch分析仪,等轴测Rs,IVAS系统,核倍体R,卡特探测器,了解您的CG,位置2路径,洛拉,织机实验,卢米,喜鹊,水手,mCSEA公司,MDTS公司,用餐,MEDIPS公司,百万深度,模因,亚eqR2,方法继承模拟,MethReg公司,methrix公司,甲基CC,甲基遗传,甲基寻求者,甲基Sig,甲苯,最小距离,MIRA公司,甲基错误,丝裂原克隆2,MMDiff2(最大差值2),移动RNA,Modstrings模式,蒙娜丽莎,月光2R,马赛克,Motif2站点,motifbreakR图案,图案匹配器,MotifPeeker公司,鼠标FM,MSA2分布,多重分析实验,多棱镜,多数据集,多HiC比较,MungeSumstats公司,音乐剧,纳米MethViz,ncRNA工具,nearBynding公司,正常值,核素R,空范围,OGRE公司,寡头类,OmaDB公司,openPrimeR(打开底漆),有机体.dplyr,有机体Dbi,外部,OutSplice,packFinder(包查找器),页面排名,面板.顶部,部件CNV,过去的,pca浏览器,峰值合成器,百事统计,pgxRpi(磅/平方英寸),PhIP数据,PICB公司,管道,绘图员,交互作用,pqs指示器,婴儿车,预选赛,精确TAD,基本TSS,积极主动,问题BAMr,ProteoDisco公司,PureCN公司,Pviz公司,QDNAseq公司,qp图,qsea公司,Qtlizer公司,R3CPET公司,雷尔,RAIDS公司,冲压机,RareVariantVis系列,区域协调机构,Rcis目标,重新计票,资源3,区域性个人电脑,区域R,区域报告,regutools公司,REMP公司,RESOLVE(解决),射频预测,RgnTX公司,Rhisat2号机组,RiboCrypt公司,RiboDiPA公司,Ribo配置文件,里格夫,人民币,rmspc公司,rna编辑器,RNAmodR(导航修正)。碱性系列,RNAmodR(导航修正)。毫升,RNAmodR(导航修正)。RiboMethSeq(RiboMeth序列),咆哮,RTCGA工具箱,窗框,斯卡法里,扫描最小值,扫描MiRApp,scDblFinder,scmeth公司,scoreInvHap评分,sc管道,scRNAseq应用程序,毛茸茸的,舷窗,分段器,SeqArray(序列阵列),seqPattern(序列模式),序列,SeqSQC公司,SeqVarTools(序列变量工具),芝麻,七摄氏度,神童(shinyepico),ShortRead(短阅读),签字人,SigsPack系列,SimFFPE公司,单细胞实验,单分子足迹,西塔德拉,站点2目标,快照计数,SOMNiBUS公司,稀疏签名,光谱TAD,香料,拼接向导,拼接图,SPLINTER公司,斯纳迪夫,体育场,绞线检查,同义词,系统管道R,TAPseq公司,目标,TCG生物链,TCGAutils公司,TCseq公司,基于TD的UFE,基于TD的UFEadv,宗旨,TENxIO公司,TEQC公司,terraTCGA数据,TFARM公司,TFBS工具,TFEA。炸薯条,TFHAZ公司,垃圾堆,tidyCoverage公司,tLOH(有毒液体),轨道表,转录本R,过渡,TRESS公司,三轮车,三联体,电视广播公司,tx转换器,tximeta公司,乌拉尔西奇,UMI4猫,取消覆盖库,Uniquorn公司,UPDhmm(更新),变量筛选,VaSP公司,VCF阵列,vmrseq软件,摇摆图,x芯,Zygosity预测器,BioMartGOGeneSets公司,fitCons公司。加州大学圣保罗分校hg19,MafDb.1基因组.阶段1.GRCh38,MafDb.1K基因组.phase1.hs37d5,MafDb.1K基因组.phase3.GRCh38,MafDb.1K基因组.phase3.hs37d5,MafDb公司。执行AC.r1.0.GRCh38,MafDb公司。执行AC.r1.0.hs37d5,MafDb公司。ExAC.r1.0-nonTCGA。GRCh38型,MafDb公司。ExAC.r1.0nonTCGA.hs37d5执行码,制造商Db.gnomAD.r2.1.GRCh38,MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5公司,MafDb.gnomADex.r2.1.GRCh38制造商,MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5公司,MafDb公司。TOPMedit.冷冻5.hg19,MafDb公司。TOPMedit.冷冻5.hg38,MafH5.标称AD.v4.0.GRCh38,相位cons100路。加州大学圣保罗分校hg19,相位cons100路。加州大学旧金山分校hg38,相位cons7路。加州大学旧金山分校hg38,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh37型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh38型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP149.GRCh38型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP150.GRCh38型,SNP位点。Hsapiens.dbSNP155.GRCh37型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP155.GRCh38型,十年。批注中心,XtraSNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh37型,XtraSNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh38型,饼干商数据,chiperich.data(芯片丰富数据),宇宙67,ELMER.数据,四个DN数据,基因组分布数据,leeBam视图,mCSEA数据,甲基SeqData,pepDat公司,scMultiome公司,scRNA序列,sesame数据,躯体癌改变,空间LIBD,十年。实验中心,肿瘤MethData,变量工具数据,ExpHunter套件,重新计票工作流,seqpac公司,西奈,cpp11比格威格,crispR设计,驱动器,GencoDymo2,基因2蛋白质组,基因波普,哈哈先生,HiCociety公司,希克里姆,贮藏室,核糖核酸酶R,自动变焦器,循环装配(LoopRig),MAAPER公司,MitoHEAR公司,吵闹的,麻木,PACVr公司,PopPsiSeqR软件,恢复,SATS标准,单倍体,西尼亚克,梯级,瓦列里
建议我 阿尔法MissenseR,批注中心,自治,生物扫帚,生物遗传学,生物并行,中央结算所,芝加哥,复杂热图,DFplyr公司,epivizr图表,基因组信息Db,ggmanh公司,格利玛,GSReg公司,GWA工具,HDF5阵列,交互式复杂热图,交互式显示,I范围,在溪流中,iSEE公司,黑手党,MiRaGE公司,MIRit公司,omics打印,帕格尔姆,重新计算甲基化,RTCGA公司,S4载体,SeqGSEA公司,塞钦福,飞溅,TFutils(TFutils),普世运动,更新对象,可选拼接事件.hg19,可选拼接事件.hg38,CTCF公司,基因组状态,BeadArray用例,GeuvadisTranscriptExpr公司,媒体数据,MetaScope(元作用域),纳米管,RNAmodR(导航修正)。数据,单一.mTEC。转录组,系统管道数据,xcoredata数据,CAGE工作流,弯道,DGEobj,gkmSVM公司,MoBPS公司,聚合RAD,俄罗斯联邦储备基金,里格,seqmagick公司,修拉,西格玛(sigminer),近距离接触,SNPassoc公司,更新日志,瓦尔
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程序包档案

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源程序包 基因组范围_1.62.1.tar.gz
Windows二进制文件(x86_64) 基因组范围_1.62.1.zip
macOS二进制(x86_64) 基因组范围_1.62.1.tgz
macOS二进制(arm64) 基因组范围_1.62.1.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicRanges网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:软件包/GenomicRanges
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/GenomicRanges网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/GenomicRanges网站/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.22的旧源程序包 源存档