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RTCGA公司

癌症基因组图谱数据集成


生物导体版本:释放(3.18)

癌症基因组图谱(TCGA)数据门户为研究人员搜索、下载和分析TCGA生成的数据集提供了一个平台。它包含临床信息、基因组特征数据和肿瘤基因组的高级序列分析。关键是了解基因组学以改进癌症护理。RTCGA软件包使用患者条形码密钥提供TCGA数据的种类和数量的下载和集成,使数据更容易获得。这可能会对科学发展和患者治疗的改进产生有益影响。此外,RTCGA包还将TCGA数据转换为便于使用的整洁形式。

作者:马金·科辛斯基[aut,cre],普尔泽米斯拉夫·比切克[ctb],维托尔德·乔多[ctb]

维护人员:马金·科辛斯基(Marcin Kosinski)<m.p.Kosinski at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“RTCGA”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“RTCGA”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文件

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“RTCGA”)
集成TCGA数据-RTCGA工作流 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 DNA甲基化,数据导入,数据表示,免疫肿瘤学,预处理,主要组件,RNA序列,软件,生存,可视化
版本 1.32.0
在生物导体中 生物技术3.2(R-3.2)(8.5年)
许可证 GPL-2型
取决于 R(>=3.3.0)
进口 XML、RCurl、assertthat、stringi、rvest、data.table、xml2、dplyr、purr、surviviner、ggplot2、ggthemes、viridis、knitr、scales、rmarkdown、htmltools
系统要求
统一资源定位地址 https://rtcga.github.io/rtcga网址
错误报告 https://github.com/RTCGA/RTCGA/问题
查看更多
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导入我 基于TD的UFEadv
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 RTCGA_1.32.0.tar.gz公司
Windows二进制 RTCGA_1.32.0.zip格式
macOS二进制(x86_64) RTCGA_1.32.0.tgz
macOS二进制(arm64) RTCGA_1.32.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RTCGA
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/RTCGA
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/RTCGA网址/
包短Url https://bioconductor.org/packages/RTCGA/
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