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生物导体版本:释放(3.18)
用于饼干输出的bsseq加载、定义区域和可映射样本中WGBS数据汇总(有或无插补)、删除大多数NA行、年龄估计等的测试工具。
作者:蒂姆·特里希[aut],周婉婷[aut].本杰明·约翰逊[aut',雅各布·莫里森[aut,cre],Lyong Heo[aut:
维护人员:雅各布·莫里森<Jacob.Morrison at vai.org>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.软件包(“BiocManager”)BiocManager::install(“饼干匠”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览Vignettes(“饼干商”)
细节
生物视图 |
DNA甲基化,数据导入,甲基Seq,软件 |
版本 |
1.16.0 |
在生物导体中 |
生物技术3.10(R-3.6)(4.5年) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
R(>=4.1.0),饼干商数据,bsseq公司 |
进口 |
读卡器,qualV,矩阵,插补,HDF5阵列,S4矢量,Rsamtools公司,数据表,博科生物,基因组学范围,I范围,生物遗传学,变量注释,延迟矩阵统计,总结性实验,基因组信息Db,穆斯库卢斯,同型沙氏菌、矩阵统计、,rtracklayer公司,QDNAseq公司,数据管理服务、方法、实用程序、R.utils、gtools、,生物并行 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/trichelab/biscuiter(网址:https://github.com/trichelab/biscuiter) |
错误报告 |
https://github.com/trichelab/cousiceer/issues |
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程序包档案
跟随安装在您的R会话中使用此软件包的说明。