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生物导体版本:释放(3.18)

用于饼干输出的bsseq加载、定义区域和可映射样本中WGBS数据汇总(有或无插补)、删除大多数NA行、年龄估计等的测试工具。

作者:蒂姆·特里希[aut],周婉婷[aut].本杰明·约翰逊[aut',雅各布·莫里森[aut,cre],Lyong Heo[aut:

维护人员:雅各布·莫里森<Jacob.Morrison at vai.org>

引文(从R中输入引文(“饼干匠”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.软件包(“BiocManager”)BiocManager::install(“饼干匠”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览Vignettes(“饼干商”)
饼干用户指南 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 DNA甲基化,数据导入,甲基Seq,软件
版本 1.16.0
在生物导体中 生物技术3.10(R-3.6)(4.5年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=4.1.0),饼干商数据,bsseq公司
进口 读卡器,qualV,矩阵,插补,HDF5阵列,S4矢量,Rsamtools公司,数据表,博科生物,基因组学范围,I范围,生物遗传学,变量注释,延迟矩阵统计,总结性实验,基因组信息Db,穆斯库卢斯,同型沙氏菌、矩阵统计、,rtracklayer公司,QDNAseq公司,数据管理服务、方法、实用程序、R.utils、gtools、,生物并行
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/trichelab/biscuiter(网址:https://github.com/trichelab/biscuiter)
错误报告 https://github.com/trichelab/cousiceer/issues
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建议 决策支持系统covr、knitr、rmarkdown、markdown、rlang、,scmeth公司、pkgdown、roxygen2、test、,QDNA序列hg19,QDNA序列.mm10,生物风格
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程序包档案

跟随安装在您的R会话中使用此软件包的说明。

源程序包 饼干工_1.16.0.tar.gz
Windows二进制 饼干工_1.16.0.zip(仅64位)
macOS二进制(x86_64) 饼干工_1.16.0.tgz
macOS二进制(arm64) 饼干_1.16.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/饼干
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包装/饼干商
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/cousizeer/
包短Url https://bioconductor.org/packages/饼干商/
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