ORFik公司

基因组学中的开放阅读框架

生物导体版本：释放（3.18）

R包，用于通过操作序列数据和NGS数据（如Ribo-Seq、RNA-Seq、TCP-Seq和CAGE）分析转录和翻译特征。一般来说，任何转录区都可以被分析，正如其名字所暗示的那样，它是通过对开放阅读框架（ORF）上的核糖体模式的调查而得到的，这是它的主要用例。ORFik通过使用C++、data.table和GenomicRanges而速度极快。该软件包允许使用CAGE-Seq数据重新分配转录本的开头，RiboSeq读取的自动移位，为整个基因组寻找开放阅读框架等等。

作者：哈康·特杰尔德内斯[aut，cre，dtc]，科内尔·拉邦[aut、cph]，米歇尔·斯威斯基[ctb]，卡塔兹娜·齐兹涅斯卡[ctb，dtc'，亚米拉·托雷斯·克莱伦[ctb、ths]，艾文德·瓦伦[ths，fnd]

维护人员：Haakon Tjeldnes<hotmail.com上的hauken_heyken>

引文（从R中输入引文（“ORFik”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“ORFik”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“ORFik”）

注释和对齐	HTML格式	R脚本
数据管理	HTML格式	R脚本
导入数据	HTML格式	R脚本
ORFik概述	HTML格式	R脚本
Ribo-seq管道	HTML格式	R脚本
使用成绩单	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

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细节

生物视图	对齐,新闻报道,数据导入,功能基因组学,免疫肿瘤学,RNA序列,RiboSeq系列,排序,软件
版本	1.22.2
在生物导体中	生物C 3.7（R-3.5）（6年）
许可证	MIT+文件许可证
取决于	R（>=3.6.0），I范围(>= 2.17.1),基因组范围(>= 1.35.1),基因组比对（>=1.1.0）
进口	注释Dbi(>= 1.45.0),生物串(>= 2.51.1),生物反应器，生物标记（>=1.0.7），生物遗传学(>= 0.29.1),生物并行(>= 1.19.0),牛基因组，cowplot（>=1.0.0），curl，RCurl，data.table（>=1.11.8），DESeq2公司（>=1.24.0），下载器，fst（>=0.9.2），基因组信息Db(>= 1.15.5),基因组特征（>=1.31.10），ggplot2（>=2.2.1），gridExtra（>=2.3），httr（>=1.3.0），jsonlite，methods（>=3.6.0），R.utils，Rcpp（>=1.0.0），Rsamtools软件(>= 1.35.0),rtracklayer公司（>=1.43.0），统计数据，总结性实验(>= 1.14.0),S4载体（>=0.21.3），工具，utils，XML，xml2（>=1.2.0），带r
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/Roleren/ORFik网址
错误报告	https://github.com/Roleren/ORFik/问题

建议	测试，rmarkdown，knitr，仿生风格,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19
链接到	卢比
增强功能
取决于我	RiboCrypt公司
导入我	TFHAZ公司
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	ORFik_1.22.2.tar.gz
Windows二进制	ORFik_1.22.2.zip文件
macOS二进制（x86_64）	ORFik_1.22.2.tgz
macOS二进制（arm64）	ORFik_1.22.2.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ORFik
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/ORFik
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ORFik网站/
程序包短Url	https://bioductor.org/packages/ORFik/
软件包下载报告	下载统计信息
BioC 3.18的旧源程序包	源存档