音乐剧
变异特征综合分析工具包
生物导体版本：释放（3.18）
突变特征是致癌暴露或异常细胞过程，可导致基因组改变。我们创建了musicatk（MUtational SIgnature Comprehensive Analysis ToolKit）来解决其他现有计算工具在通用性和易用性方面的不足。虽然已经生成了许多不同类型的突变数据，但当前的软件包没有一个灵活的框架，允许用户在突变签名推断过程中混合和匹配不同类型的变异。Musicatk允许用户统计和组合多种突变类型，包括SBS、DBS和indels。Musicatk计算了复制链、转录链和这些特征的组合，以及从与任何突变类型相关的独特和专有基因组特征中的发现。Musicatk还实现了几种用于发现新签名的方法，以及在给定一组现有签名的情况下推断暴露的方法。Musicatk提供可视化和下游探索分析功能，包括比较队列之间的签名并在COSMIC V2或COSMIC V3中找到匹配的签名。
作者：亚伦·谢瓦利埃【cre】（0000-0002-3968-9250），约书亚·D·坎贝尔【aut】
维护人员：亚伦·谢瓦利埃（Aaron Chevalier）<atgc at bu.edu>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“musicatk”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“musicatk”）
细节
| 生物视图 |
生物学问题,软件,体细胞突变,变量注释 |
| 版本 |
1.12.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.12（R-4.0）（3.5年） |
| 许可证 |
LGPL-3型 |
| 取决于 |
R（>=4.0），纳米英尺 |
| 进口 |
总结性实验,变量注释,生物串，base，methods，magrittr，tibble，tidyr，gtools，gridExtra，MCMCprecision，MASS，matrixTests，data.table，dplyr，rlang，牛基因组,基因组信息Db,基因组特征,基因组范围,I范围,S4载体，uwot，ggplot2，字符串，TxDb（发送日期）。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因,TxDb（发送日期）。哈皮恩斯。UCSC.hg38.known基因,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学旧金山分校hg38,英国基因组。姆穆苏卢斯。UCSC毫米9,英国基因组。姆穆苏卢斯。UCSC毫米10，解构叹息，去肿瘤2Sig，主题模型，ggexist，plotly，utils，factoextra，cluster，复杂热图、Phillentropy、，黑手党、闪亮、stringi、tidyverse、ggpubr |
| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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| 错误报告 |
https://github.com/campbio/musicatk/issues网站 |
查看更多
| 建议 |
TCG生物链，shinyBS，shinylert，shinybusy，shinydashboard，shinyjs，shinyjqui，可排序，测试，仿生风格knitr，rmarkdown，生存，十六矢量，qpdf，covr，shinyWidgets，cowplot，withr |
| 链接到 |
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| 增强功能 |
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生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
