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鱼塘

Fishbond:表达式数据的下游方法和工具


生物导体版本:释放(3.18)

Fishbond包含使用推断复制对RNA-seq数据进行差异转录和基因表达分析的方法,以确定丰度量化的不确定性,如吉布斯采样或自举采样所产生的。此外,该包还包含许多用于处理Salmon和Alevin量化文件的实用程序。

作者:朱安琪[aut,ctb]、迈克尔·洛夫[aut、cre]、阿维·斯利瓦斯塔瓦[aut和ctb],罗伯·佩特罗[aut与ctb]和约瑟夫·易卜拉欣[aut

维护人员:迈克尔·洛夫(Michael Love)<michaelisaiahlove at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“鱼塘”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“鱼塘”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“鱼塘”)
1.Swish:DE分析,用于推断不确定性 HTML格式 R脚本
2.SEESAW-鲑鱼和Swish的等位基因表达分析 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 交替拼接BatchEffect(批次效果)差异表达式差分拼接基因表达式多重比较规范化RNA序列回归排序单个单元格软件转录可视化
版本 2.8.0
在生物导体中 生物技术3.9(R-3.6)(5年)
许可证 GPL-2型
取决于
进口 图形、统计、实用程序、方法、abind、gtools、,q值S4载体I范围总结性实验基因组范围、矩阵统计、svMisc、矩阵、,单细胞实验,jsonlite
系统要求
统一资源定位地址 https://thelovelab.github.io/fishpond https://thelovelab.com/mikelove/fishpond
错误报告 https://support.bioconductor.org/tag/fishpond网站
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建议 测试,knitr,rmarkdown,巨噬细胞tximeta公司组织Hs.eg.db,samr,DESeq2公司阿佩格尔姆tximportData(最大端口数据)利马集成数据库EnsDb公司。哈皮恩斯v86基因组学特征注释Dbi、pheatmap、,Gviz公司基因组信息数据库,数据表
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 鱼叉2.8.0.tar.gz
Windows二进制 鱼缸-2.8.0.zip(仅64位)
macOS二进制(x86_64) 鱼塘2.8.0.tgz
macOS二进制(arm64) 鱼塘2.8.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fishpond网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包装/鱼塘
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/fishpond/
包短Url https://bioconductor.org/packages/fishpond网站/
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