ChromS磁带
使用Shiny应用程序分析单细胞表观基因组数据集
生物导体版本：释放（3.18）
ChromSCape-单细胞染色质横向分析-是一个现成的、用户友好的闪亮应用程序，用于分析单细胞表观基因组数据集（scChIP-seq、scATAC-seq、scCUT&Tag…），从对齐数据到差异分析和基因集富集分析。它具有高度的交互性，使用户能够保存他们的分析，并涵盖广泛的分析步骤：质量控制、预处理、过滤、批量校正、降维、可视化、聚类、差异分析和基因集分析。
作者：Pacome Prompsy[奥特，克里]
，西琳·瓦洛特[aut]
维护人员：Pacome Prompsy<居里的Pacome.Prompsy。fr>
引文（从R中输入引文（“ChromSCape”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：
if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“ChromSCape”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文件
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览渐晕图（“ChromSCape”）
细节
| 生物视图 |
ATACSeq公司,注释,BatchEffect（批次效果）,ChIPSeq公司,分类,聚类,差异峰值呼叫,表观遗传学,GeneSet扩展,甲基Seq,多重比较,规范化,路径,预处理,主要组件,质量控制,报告写作,ShinyApps公司,单个单元格,软件,可视化 |
| 版本 |
1.12.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.12（R-4.0）（3.5年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
R（>=4.1） |
| 进口 |
闪亮的，颜色选择器，闪亮的，rtracklayer公司、shiny文件、shiny助手、shiny小工具、shiny仪表板Plus、shiny加载程序、矩阵、plotly、shiny面板、colorRamps、kableExtra、viridis、，批处理器,生物并行，平行，Rsamtools软件，ggplot2，ggresent，gggenes，gridExtra，qualV，stringdist，stringr，fs，qs，DT，尖叫声,散射,ConsensusClusterPlus协议、Rtsne、dplyr、tidyr、，基因组范围,I范围，irlba，rlist，umap，tibble，方法，jsonlite，边缘R、统计、图形、grDevices、utils、，S4载体,单细胞实验,总结性实验、msigdbr、forcats、Rcpp、coop、matrixTests、，DelayedArray（延迟阵列） |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/vallotlab/CromSCape |
| 错误报告 |
https://github.com/vallotlab/ChromSCape/issues |
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| 建议 |
测试，knitr，markdown，rmarkdown，仿生风格、符号、未来、图表、，虚张声势，高温气冷堆 |
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程序包档案
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