中国能源研究院

CNE检测与可视化

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“CNEr”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“CNEr”）

CNE识别和可视化	HTML格式	R脚本
成对全基因组比对	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

细节

生物视图	数据导入,基因调控,软件,可视化
版本	1.40.0
在生物导体中	生物技术2.14（R-3.1）（10年）
许可证	GPL-2 |文件许可证
取决于	R（>=3.5.0）
进口	生物串(>= 2.33.4),pwalling（pwallign），DBI（>=0.7），RSQLite（>=0.11.4），基因组信息Db(>= 1.1.3),基因组范围(>= 1.23.16),rtracklayer公司(>= 1.25.5),十六矢量(>= 0.5.4),基因组比对（>=1.1.9），方法，S4载体(>= 0.13.13),I范围（>=2.5.27），读数（>=0.2.2），生物遗传学，工具，平行，重塑2（>=1.4.1），ggplot2（>=2.1.0），poweRlaw（>=0.60.3），注释(>= 1.50.0),政府.db（>=3.3.0），R.utils（>=2.3.0），KEGGREST公司(>= 1.14.0)
系统要求
网址	https://github.com/ge11232002/CNEr网址
错误报告	https://github.com/ge11232002/CNEr/issues网站

查看更多

建议	Gviz公司(>= 1.7.4),生物风格knitr rmarkdown测试，英国基因组。德雷里奥.UCSC.danRer10,BS基因组。哈皮恩斯。加州大学旧金山分校hg38,TxDb（发送日期）。Drerio.UCSC.danRer10.refGene公司,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19,英国基因组。格加卢斯。UCSC.镀锌3
链接到	S4载体,I范围,十六矢量
增强功能
取决于我
导入我	TFBS工具
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	CNEr_1.40.0.tar.gz（人民币）
Windows二进制	CNEr_1.40.0.zip
macOS二进制（x86_64）	CNEr_1.40.0.tgz（中文）
macOS二进制（arm64）
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNEr网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/CNEr
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CNEr网址/
程序包短Url	https://bioconductor.org/packages/CNEr网站/
软件包下载报告	下载统计信息