qsea公司

IP-seq数据分析和可视化

生物导体版本：释放（3.18）

qsea（定量测序富集分析）是MEDIPS软件包的继承者，用于分析甲基化DNA免疫沉淀（MeDIP）实验数据，然后进行测序（MeDIP-seq）。然而，qsea为分析其他类型的定量测序数据（例如ChIP-seq、MBD-seq、CMS-seq和其他）提供了多种功能，包括计算样品组之间的差异富集。

作者：马提亚斯·利恩哈德[aut，cre]，卢卡斯·查韦斯，拉尔夫·赫维格[aut]

维护人员：马蒂亚斯·利恩哈德（Matthias Lienhard）<Lienhard at molgen.mpg.de>

引文（从R中输入引文（“qsea”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“qsea”）

对于旧版本的R，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“qsea”）

生物视图	ChIPSeq公司,芯片芯片,复制数字变体,CpGIsland公司,DNA甲基化,差异甲基化,规范化,预处理,质量控制,排序,软件,可视化
版本	1.28.0
在生物导体中	生物柴油3.4（R-3.3）（7.5年）
许可证	GPL-2型
取决于	R（>=4.3）
进口	生物管柱，图形，gtools，方法，stats，utils，HMM副本,rtracklayer公司,牛基因组,基因组范围,Rsamtools软件,I范围,利马,基因组信息Db,生物遗传学，gr设备，动物园，生物并行,S4载体
系统要求
统一资源定位地址

建议	英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19,媒体数据，测试，仿生风格、knitr、rmarkdown、MASS生物经理
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	qsea_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	qsea_1.28.0.zip
macOS二进制（x86_64）	qsea_1.28.0.tgz
macOS二进制（arm64）	qsea_1.28.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/qsea
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/qsea
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/qsea/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/qsea/
软件包下载报告	下载统计信息