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基因组特征

方便地导入和查询基因模型


生物导体版本:释放(3.18)

一组用于制作和操作以抄本为中心的注释的工具和方法。使用这些工具,用户可以从UCSC Genome Browser或BioMart数据库轻松下载给定生物体的转录本、外显子和cds的基因组位置(未来将支持更多来源)。然后,这些信息存储在本地数据库中,该数据库跟踪转录本、外显子、cds和基因之间的关系。提供了灵活的方法以方便的格式提取所需的特征。

作者:M.Carlson[aut]、H.Pagès[aut、cre]、P.Aboyoun[aut'、s.Falcon[aut]、M.Morgan[aut=、D.Sarkar[aut+、M.Lawrence[aut)、V.Obenchain[aut]、s.Arora[ctb]、J.MacDonald[ctb=、M.Ramos[ctb]、s.Saini[ctb=、P.Shannon[ctb]、L.Shepherd[ctb]、D.Tenenbaum[ctb]=、D.Van Twisk[ctb]

维护人员:H.Pagès<hpages.on.github at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“基因组特征”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“GenomicFeatures”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“基因组特征”)
TxDb对象的制作和使用 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 注释,遗传学,基因组注释,基础设施,排序,软件
版本 1.54.4条
在生物导体中 生物碳2.5(R-2.10)(14.5年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=3.5.0),生物遗传学(>= 0.1.0),S4载体(>= 0.17.29),I范围(>= 2.13.23),基因组信息数据库(>= 1.35.8),基因组范围(>= 1.31.17),注释Dbi(>= 1.41.4)
进口 方法、utils、stats、tools、httr、rjson、DBI、RSQLite(>=2.0),十六矢量(>= 0.19.7),生物串(>= 2.47.6),生物信息组织,rtracklayer公司(>= 1.51.5),生物反应器(>= 2.58.2),博科生物(>= 2.15.1)
系统要求
统一资源定位地址 https://bioconductor.org/packages/GenomicFeatures网站
错误报告 https://github.com/Bioconductor/GenomicFeatures/issues网站
查看更多
建议 RMariaDB、,组织管理例会.db,组织Hs.eg.db,牛基因组,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19(>= 1.3.17),英国基因组。西里根。UCSC.ce11公司,英国基因组。梅勒诺加斯特。UCSC.dm3公司(>= 1.3.17),微型数据库.db,FDb公司。UCSC.tRNA,发送数据库。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因,发送数据库。西里根。UCSC.ce11.ensGene公司,发送数据库。梅勒诺加斯特。UCSC.dm3.ensGene公司(>= 2.7.1),发送数据库。姆穆苏卢斯。UCSC.mm10.known基因(>= 3.4.7),发送数据库。哈皮恩斯。UCSC.hg19.lincRNAs脚本,发送数据库。哈皮恩斯。UCSC.hg38.known基因(>= 3.4.6),苏格兰民族党。Hsapiens.dbSNP144.GRCh38型,Rsamtools软件,pasillaBamSubset系列(>= 0.0.5),基因组比对(>= 1.15.7),集成数据库,批注筛选器、RUnit、,仿生风格、knitr、markdown
链接到
增强功能
取决于我 科吉托,cpvSNP公司,集成数据库,FDb公司。FANTOM4.promoters.hg19型,FDb公司。无限甲基化.hg18,FDb公司。无限甲基化.hg19,FDb公司。UCSC.snp135公共.hg19,FDb公司。UCSC.snp137通用.hg19,FDb公司。UCSC.tRNA,基因调控,GSReg公司,吉他,HelloRanges(HelloRange),猿人,伊玛斯,IVAS系统,穆斯库卢斯,我的基因,有机体Dbi,外部,RareVariantVis系列,褐家鼠,RiboDiPA公司,拼接图,发送数据库。阿塔利亚纳。生物集市.plantsmart22,发送数据库。阿塔利亚纳。BioMart.工厂智能25,发送数据库。阿塔利亚纳。BioMart.工厂智能28,发送数据库。阿塔利亚纳。BioMart.工厂智能51,发送数据库。金牛座。UCSC.bosTau8.refGene公司,发送数据库。金牛座。UCSC.bosTau9.refGene公司,发送数据库。西里根。UCSC.ce11.ensGene公司,发送数据库。西里根。UCSC.ce11.ref基因,发送数据库。西里根。UCSC.ce6.ensGene公司,发送数据库。Cfamiliaris.UCSC.canFam3.ref基因,发送数据库。Cfamiliaris.UCSC.canFam4.ref基因,发送数据库。Cfamiliaris.UCSC.canFam5.ref基因,发送数据库。Cfamiliaris.UCSC.canFam6.ref基因,发送数据库。梅勒诺加斯特。UCSC.dm3.ensGene公司,发送数据库。梅勒诺加斯特。UCSC.dm6.ens基因,发送数据库。Drerio.UCSC.danRer10.refGene公司,发送数据库。Drerio.UCSC.danRer11.refGene公司,发送数据库。格加卢斯。UCSC.galGal4.refGene公司,发送数据库。Ggallus。UCSC.galGal5.refGene公司,发送数据库。格加卢斯。UCSC.galGal6.refGene公司,发送数据库。哈皮恩斯。生物城.igis,发送数据库。哈皮恩斯。UCSC.hg18.known基因,发送数据库。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因,发送数据库。哈皮恩斯。UCSC.hg19.lincRNAs脚本,发送数据库。哈皮恩斯。UCSC.hg38.known基因,发送数据库。哈皮恩斯。UCSC.hg38.ref基因,发送数据库。穆拉塔。UCSC.rheMac10.refGene公司,发送数据库。穆拉塔。UCSC.rheMac3.refGene公司,发送数据库。穆拉塔。UCSC.rheMac8.ref基因,发送数据库。姆穆苏卢斯。UCSC.mm10.ensGene公司,发送数据库。姆穆苏卢斯。UCSC.mm10.known基因,发送数据库。姆穆苏卢斯。UCSC.mm39.known基因,发送数据库。姆穆苏卢斯。UCSC.mm39.ref基因,发送数据库。姆穆苏卢斯。UCSC.mm9.known基因,发送数据库。翼状体。UCSC.panTro4.ref基因,发送数据库。翼状体。UCSC.panTro5.refGene公司,发送数据库。翼状体。UCSC.panTro6.refGene公司,发送数据库。褐家鼠。生物城.igis,发送数据库。褐家鼠。UCSC.rn4.ensGene公司,发送数据库。褐家鼠。UCSC.rn5.refGene公司,发送数据库。褐家鼠。UCSC.rn6.ncbi参考序列,发送数据库。褐家鼠。UCSC.rn6.ref基因,发送数据库。褐家鼠。UCSC.rn7.ref基因,发送数据库。Scerevisiae。UCSC.sacCer2.sgdGene公司,发送数据库。Scerevisiae公司。UCSC.sacCer3.sgdGene公司,发送数据库。斯克罗法。UCSC.susScr11.ref基因,发送数据库。斯克罗法。UCSC.susScr3.ref基因
导入我 过敏性失衡,注释中心数据,注释器,APA分析仪,大约8R,ASpli公司,ATACCoGAPS公司,班布,BgeeCall电话,绑定SiteFinder,生物OncoTK,biovizBase公司,颠簸猎人,BUSpaRse公司,CAGEfightR公司,卡斯珀,ChIPpeakAnno公司,中国药监会,ChIP寻求者,compEpiTools公司,同意DE,crispr设计,克里斯普塞克普卢斯,crisprViz公司,CSSQ公司,自定义ProDB,去肿瘤2Sig,DegNorm公司,测深仪,derfinder图,DMR分类数据,DNA融合,双重故障,EDASeq公司,ELMER公司,EpiMix公司,表观突变子,EpiTxDb公司,epivizrData公司,epivizr独立,esATAC公司,事件指针,exome峰值2,ExpHunter套件,事实R,FDb。FANTOM4.promoters.hg19型,FDb公司。无限甲基化.hg18,FDb公司。无限甲基化.hg19,FDb公司。UCSC.snp135公共.hg19,FDb公司。UCSC.snp137通用.hg19,FDb公司。UCSC.tRNA,结果IT2,火焰,弗雷泽,GA4GH小巧,gDNAx公司,基因库,基因属性,geneLen数据库,基因组分布数据,基因组相互作用节点,基因组图,基因组状态,GenVisR系统,ggbio公司,gmapR(gmapR),格莫维兹,指南eq,Gviz公司,格瓦斯卡,HiLDA公司,猿人,HTSeqGenie软件,冰茶,InPAS公司,监督,内部专家,核倍体R,卢米,喜鹊,mCSEA公司,集合基因,亚eqR2,甲基脲,消息bsR,多棱镜,穆斯库卢斯,音乐剧,无RCE,ORFik公司,有机体.dplyr,OutSplice接口,积极主动,问题BAMr,剖面(profileplyr),ProteoDisco公司,PureCN公司,qp图,QuasR公司,雷尔,褐家鼠,区域协调机构,rCGH公司,补偿,RgnTX公司,rGREAT公司,瑞萨2,RiboCrypt公司,Ribo配置文件,核糖体轮廓QC,里坦,RL序列,RNAmodR(无线电导航修改器),SARC公司,扫描MiRApp,scRNA序列,毛茸茸的,SGSeq公司,西塔德拉,飞溅物,拼接图,SPLINTER公司,斯纳迪夫,结构变体注释,svaNUMT公司,svaRetro公司,TAPseq公司,TCGAutils公司,TFEA。炸薯条,轨迹查看器,转录本R,TRESS公司,tx转换器,发送数据库。阿塔利亚纳。BioMart.工厂智能22,发送数据库。阿塔利亚纳。BioMart.工厂智能25,发送数据库。哈皮恩斯。生物城.igis,发送数据库。褐家鼠。生物城.igis,tximeta公司,乌拉尔西奇,UMI4猫,变量注释,变量筛选,变量工具,wavClusteR(波浪俱乐部)
建议我 批注中心,土匪,生物病毒RCNS,BioPlex公司,生物串,英国基因组。金牛座。UCSC.bosTau3号,英国基因组。B龙。UCSC.bosTau4大学,英国基因组。金牛座。UCSC.bosTau6大学,英国基因组。金牛座。UCSC.bosTau8大学,英国基因组。金牛座。UCSC.bosTau9大学,英国基因组。西里根。UCSC.ce10,英国基因组。西里根。UCSC.ce11公司,英国基因组。西里根。UCSC.ce2号机组,英国基因组。家庭.UCSC.canFam2,英国基因组。家庭.UCSC.canFam3,英国基因组。梅勒诺加斯特。UCSC.dm2号机组,英国基因组。梅勒诺加斯特。加州大学旧金山分校.dm6,英国基因组。德雷奥.UCSC.danRer10,英国基因组。德雷奥.UCSC.danRer11,英国基因组。德雷奥.UCSC.danRer5,英国基因组。德雷奥.UCSC.danRer6,英国基因组。德雷奥.UCSC.danRer7,英国基因组。加库拉图斯。UCSC.gasAcu1号机组,英国基因组。格加卢斯。UCSC.镀锌3,英国基因组。格加卢斯。UCSC镀锌4,英国基因组。哈皮恩斯。UCSC.hg17号机组,英国基因组。穆拉塔。UCSC.rheMac2号机组,英国基因组。穆拉塔。UCSC.rheMac3号机组,英国基因组。姆穆苏卢斯。UCSC毫米8,英国基因组。翼状体。UCSC.panTro2公司,英国基因组。翼状体。UCSC.panTro3号机组,英国基因组。褐家鼠。UCSC.rn6号机组,BSgenomeForge公司,CAGE工作流,芯片序列,色度图,脆皮RVariants,计算机辅助焊接,cummeRbund公司,策划AdipoChIP,DEXSeq公司,环境影响评估报告,鱼塘,基因组信息数据库,基因组比对,基因组范围,格罗HMM,HDF5阵列,Hi联系人,交互式复杂热图,I范围,MiRaGE公司,突变模式,ObMiTi公司,页面排名,甲状旁腺SE,绘图员,重新计票,RNAmodR(导航修正)。毫升,Rsamtools软件,rtracklayer公司,sc管道,ShortRead(短阅读),单一.mTEC。转录组,总结性实验,系统管道R,系统管道数据,TFutils(TFutils),坦桑尼亚先令,VplotR文件,摇摆图
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程序包档案

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源程序包 基因组特征_1.54.4.tar.gz
Windows二进制 基因组特征_1.54.4.zip(仅64位)
macOS二进制(x86_64) 基因组学特征_1.54.4.tgz
macOS二进制(arm64) 基因组特征_1.54.4.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicFeatures网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:软件包/GenomicFeatures
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/GenomicFeatures网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/GenomicFeatures(https://bioconductor.org/packages/GenomicFeatures)/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.18的旧源程序包 源存档