注册并公开摘要对于生物2024

基因组相互作用

处理基因组相互作用数据的实用程序


生物导体版本:释放(3.18)

处理基因组相互作用数据(如ChIA-PET或Hi-C)的实用程序,用相互作用信息注释基因组特征,并生成绘图和汇总统计数据。

作者:Harmston,N.、Ing-Simins,E.、Perry,M.、Baresic,A.、Lenhard,B。

维护人员:Liz Ing-Simons<Liz.ingsmins at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“基因组相互作用”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“GenomicInteractions”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“基因组相互作用”)
chiapet_vignette.html HTML格式 R脚本
基因组相互作用-HiC HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 数据导入,数据表示,HiC公司,基础设施,软件
版本 1.36.0
在生物导体中 生物技术3.0(R-3.1)(9.5年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=3.5),交互集
进口 Rsamtools软件,rtracklayer公司,基因组范围(>= 1.29.6),I范围,生物遗传学(>=0.15.3),数据表,字符串,基因组信息Db,ggplot2,网格,gridExtra,方法,igraph,S4载体(>=0.13.13),dplyr,Gviz公司,博科生物,图形,统计数据,实用程序,grDevices
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/ComputationalRegulatoryGenomicsICL/基因交互/
查看更多
建议 knitr、rmarkdown、,仿生风格,测试
链接到
增强功能
取决于我
导入我 CAGEfightR公司,额外ChIP,HiCDCPlus公司,飞溅物
建议我 芝加哥,ELMER公司,七摄氏度
指向我的链接
生成报告 生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 基因组相互作用_1.36.0.tar.gz
Windows二进制 基因组相互作用_1.36.0.zip
macOS二进制(x86_64) 基因组相互作用_1.36.0.tgz
macOS二进制(arm64) 基因组相互作用_1.36.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicInteractions网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:软件包/基因组相互作用
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/GenomicInteractions网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/GenomicInteractions网站/
软件包下载报告 下载统计信息