PureCN公司

使用目标短读序列进行拷贝号码呼叫和SNV分类

生物导体版本：释放（3.18）

该软件包估计肿瘤纯度、拷贝数和杂合性丢失（LOH），并根据体细胞状态和克隆性对单核苷酸变体（SNV）进行分类。PureCN是为目标短读测序数据设计的，与标准体细胞变异检测和拷贝数管道很好地集成，并支持不匹配正常样本的肿瘤样本。

作者：马库斯·里斯特[aut，cre]，安加德·辛格[aut]

维护人员：马库斯·里斯特（Markus Riester）<Markus.Riester at novartis.com>

引文（从R中输入引文（“PureCN”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.软件包（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“PureCN”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“PureCN”）

生物视图	副本编号变化,新闻报道,免疫肿瘤学,排序,软件,变量注释,变量检测
版本	2.8.1
在生物导体中	生物多样性3.3（R-3.3）（8年）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=3.5.0），DNA副本,变体注释(>= 1.14.1)
进口	基因组范围(>= 1.20.3),I范围（>=2.2.1），RColorBrewer，S4载体、data.table、grDevices、graphics、stats、utils、，总结性实验,基因组信息Db,基因组特征,Rsamtools公司,博科生物,生物串,生物遗传学,rtracklayer公司，ggplot2，gridExtra，futile.logger，VGAM，工具，方法，mclust，rhdf5型，矩阵
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/lima1/PureCN网址

建议	生物并行,仿生风格、PSCBS、R.utils、，TxDb（发送日期）。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因covr、knitr、optparse、，组织Hs.eg.db、jsonlite、markdown、rmarkdown、testhat
链接到
增强功能	基因组sdb（>=0.0.3）
取决于我
导入我
建议我
链接到我
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	PureCN_2.8.1.tar.gz公司
Windows二进制	PureCN_2.8.1.zip文件
macOS二进制（x86_64）	PureCN_2.8.1.tgz公司
macOS二进制（arm64）	PureCN_2.8.1.tgz公司
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PureCN网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/PureCN
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/PureCN/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/PureCN网站/
软件包下载报告	下载统计信息
BioC 3.18的旧源程序包	源存档