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签字人

变异签名发现的经验贝叶斯方法


生物导体版本:释放(3.18)

签名者包提供了一种经验贝叶斯方法来发现变异签名。它旨在分析癌症基因组中的单核苷酸变异(SNV)计数,但也可以应用于其他特征。还提供了根据暴露模式表征特征或基因组样本的功能。

作者:拉斐尔·罗萨莱斯(Rafael Rosales)、罗德里戈·德拉蒙德(Rodrigo Drummond)、雷南·瓦利埃利斯(Renan Valieris)、亚历山大·德弗里奇布斯(Alexandre Defolicibus)、以色列托贾尔·达席尔瓦

维护人员:Renan Valieris在accamargo.org.br>

引文(从R中输入引文(“签名人”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“签名者”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“签名者”)
签字人 HTML格式 R脚本
签名RFlow HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 基因组变异,软件,体细胞突变,统计方法,可视化
版本 2.4.0
在生物导体中 生物柴油3.4(R-3.3)(7.5年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=3.0.2),变量注释,国家货币基金组织
进口 生物遗传学,生物串,类,grDevices,基因组信息Db,基因组范围,I范围,nloptr,methods,stats,utils,PMCMRplus,parallel,pvclust,ppclust,shinyWidgets、bsplus、DT、magrittr、tidyr、,生物文件缓存,代理,rtracklayer公司,牛基因组
系统要求 C++11语言
统一资源定位地址 https://github.com/TojalLab/signeR网站
查看更多
建议 尼特尔,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学旧金山分校hg38、rmarkdown
链接到 Rcpp,RcppArmadillo(>=0.7.100)
增强功能
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 签名R_2.4.0.tar.gz
Windows二进制 签名R_2.4.0.zip
macOS二进制(x86_64) 签名R_2.4.0.tgz
macOS二进制(arm64) 签名R_2.4.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/signerR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:程序包/签名者
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/signeR网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/signeR网站/
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