甲基错误
Illumina人甲基化珠芯片数据分析
生物导体版本:释放(3.19)
Illumina Infinium HumanMethylation阵列数据的归一化、差异变异性和差异甲基化测试以及基因集测试。归一化过程是阵列内归一化(SWAN)的亚分位数,它允许将单个阵列上的Infinium I和II型探针一起归一化。差异可变性测试基于Levene测试的经验贝叶斯版本。使用RUV进行差异甲基化测试,RUV可以使用阴性对照探针调整高维数据中未知来源的系统误差。基因本体分析通过考虑阵列上每个基因的探针数量以及多基因相关探针进行。
作者:贝琳达·菲普森和乔瓦娜·马克西莫维奇
维护人员:Belinda Phipson<Phipson.b at wehi.edu.au>、Jovana Maksimovic<Jovana.maksimovicat petermac.org>、Andrew Lonsdale<Andrew.Lonsdale at petermac.org>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“甲基错误”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
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浏览Vignette(“missMethyl”)
细节
生物视图 |
脱氧核糖核酸甲基化,差异甲基化,GeneSet扩展,遗传变异性,基因组变异,甲基化阵列,规范化,软件 |
版本 |
1.38.0 |
在生物导体中 |
生物技术3.0(R-3.1)(9.5年) |
许可证 |
GPL-2型 |
取决于 |
R(>=3.6.0),IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19公司,Illumina人甲基化EPICanno.ilm10b4.hg19 |
进口 |
注释Dbi、BiasedUrn、,博科生物,生物遗传学,基因组范围,政府.db,IlluminaHumanMethylation450k最佳,IlluminaHumanMethylationEPIC清单,I范围,利马、方法、,甲基脲,米菲,组织Hs.eg.db,俄罗斯,S4载体,statmod,字符串,总结性实验 |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
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程序包档案
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