开始

安装生物导体包

要安装核心包，请在R命令窗口中键入以下命令：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（版本=“3.19”）

要安装核心包，请在R命令窗口中键入以下命令：

BiocManager:：install（c（“GenomicFeatures”，“AnnotationDbi”）

这个安装（）功能（在BiocManager包中）具有改变其默认行为的参数；类型？安装以获得进一步帮助。

有关使用BiocManager及其高级用法的详细说明，如版本切换，请参考BiocManager小品.

查找生物导体包

访问软件包列表以发现可用的程序包。

要以编程方式搜索可用的包，请使用以下命令：

生物管理员：：available（）

例如，使用“^org”搜索模式将显示所有可用的有机体注释包。

更新已安装的生物导体包

生物导体封装，尤其是开发分支中的封装定期更新。要在您的版本的Bioconductor，启动新的R会话并输入：

BiocManager:：安装（）

使用参数ask=错误更新旧程序包被提示。阅读的帮助页面？安装以了解更多详细信息。

升级安装的生物导体包

由于开发周期的原因，R的所有版本最终都将支持更多比一个版本的生物导体。使用最新版本的生物导体对于您的R版本，请输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（）

请记住，如果您的R的版本已过时。BiocManager将在您的版本发布时通知您R的已过期。

有关Bioconductor版本控制方法的更多详细信息，请参阅前进分区在小插曲和版本编号中开发人员参考第节。

重新编译已安装的生物导体包

操作系统中的基本更改很少需要安装ALL要重新编译的包，以实现源代码（C或Fortran）兼容性。单向要解决这个问题，可以启动一个新的R会话并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）pkgs<-rownames（installed.packages（））BiocManager:：安装（pkgs，type=“source”，checkBuild=TRUE）

由于这将重新安装所有当前安装的软件包，因此可能涉及大量的网络带宽和编译时间。所有程序包隐式更新，累积效应可能会导致皱纹这会打乱你的工作流程。它还要求您具备必要的已安装编译器。

软件包安装疑难解答

使用以下命令：

BiocManager:：valid（）##R 3.5版或更高版本

标记过时或对您的版本太新的包生物导体。输出提出了解决已发现问题的方法帮助页?有效的列出影响行为的参数函数的。

BiocManager疑难解答

BiocManager无法在您的系统上工作的一个可能原因是你的R版本太旧了生物技术经理.按顺序避免此问题，请确保您有最新版本的R安装在您的系统中。BiocManager支持3.5.0和以上。

为什么使用BiocManager:：install（）？

BiocManager:：安装（）是建议的安装方式生物导体封装。相比于R包的“标准”安装方式install.packages（）.

Bioconductor有一个不同于R的存储库和发布时间表（Bioconductor有一个“开发”分支，新的包和更新引入了一个稳定的“发布”分支，每6个月发布一次修复了哪些bug，但没有引入新功能）。

R和生物导体释放计划不匹配的后果生物导体版本由install.packages（）有时不是最近的“release”可用。例如，R次要版本可能会引入一些下一次Bioc发布前几个月。Bioc发布后R次要版本将指向Bioconductor的过时版本。

独特的“devel”分支的结果是install.packages（）有时只指向“发布”存储库，而Bioconductor想要尖端功能的开发人员和用户希望访问生物导体“开发”库。例如，Bioconductor 3.0版本适用于R.3.1.x，因此Bioconductor开发人员和尖端用户需要能够将开发版本的Bioconductor软件包安装到相同的版本（尽管可能是不同的实例或至少是库位置），支持Bioconductor 2.14版本。

生物导体结构化释放的一个间接后果是包之间通常具有更广泛的依赖性显式地通过通常的包机制，隐式地因为存储库、发布结构和Bioconductor社区交互有利于跨包重用数据表示和分析概念。那里因此，如果知道软件包来自同一版本，并且所有包都是当前版本中的包。

BiocManager包是确保针对以下版本使用适当的生物导体安装无论R和生物导体释放周期如何，R都在使用中。

>库（BiocManager）生物导体版本3.9（BiocManager 1.30.4）？BiocManager:：安装寻求帮助

这个安装（）功能由BiocManager提供。这是围绕install.packages的包装器，但存储库的选择依据使用中的生物导体版本，而不是相关版本在释放R时。

安装（）还推动用户在发布，默认情况下检查过期软件包并询问用户要更新。

>BiocManager:：安装（）生物导体版本3.9（BiocManager 1.30.4），R 3.6.0修补（2019-05-02 r76454）更新旧包：“BBmisc”、“genefilter”、“GenomicAlignments”，“GenomicRanges”、“IRanges”、“MASS”、“reconforme2”、“Rgraphviz”、，“RJSONIO”、“rtracklayer”更新全部/部分/无？[答/秒/分]：

BiocManager软件包为切换到“开发”提供了便利生物导体版本。

>BiocManager:：install（版本=“devel”）将89个软件包升级到Bioconductor版本“3.10”？[年/月]：年安装程序包“BiocVersion”尝试URL'https://bioconductor.org/packages/3.10/bioc/src/contrib/BiocVersion_3.10.0.tar.gz'内容类型“application/x-gzip”长度987字节==================================================下载了987字节*正在安装*source*包“BiocVersion”。。。**帮助***安装帮助索引**建筑包索引**测试是否可以加载已安装的包*完成（生物版）...生物导体版本3.10（BiocManager 1.30.4）？BiocManager:：为安装帮助

（在R/生物导体释放循环的某些点上使用“devel”需要使用不同版本的R本身，在这种情况下安装devel失败，并显示相应的消息）。

BiocManager包还提供valid（）来测试一下安装的软件包不是来自不同Bioconductor的大杂烩版本（“太新”的软件包是从源安装的，而不是存储库；普通用户很少有这些）。

>生物经理：：valid（）*sessionInfo（）R版本3.6.0已修补（2019-05-02 r76454）平台：x86_64-pc-linux-gnu（64-bit）...生物导体版本“3.9”*2包过期*0程序包太新...使用创建有效安装BiocManager:：安装（c(“基因组特征”，“注释Dbi”)，更新=真，询问=假）更多详细信息：BiocManager:：valid（）$too_new，BiocManager:：valid（）$out_of_date警告消息：2个过期包装；0个程序包太新

对于花大量时间使用Bioconductor的用户上述内容变得越来越重要安装（）很多倾向于install.packages（）.

预配置生物导体

生物导体也可用作Docker图像或可用于AnVIL公司.

旧版和旧版R

始终建议更新到R和的最新版本生物导体。如果这不可能，并且R<3.5.0,请使用以下内容安装Bioconductor软件包。

要安装核心包，请在R命令窗口中键入以下命令：

源（“https://bioconductor.org/biocLite.R")

安装特定的软件包，例如“GenomicFeatures”和“AnnotationDbi”，具有：

BiocInstaller:：biocLite（c（“基因组特征”，“注释Dbi”）