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水滴工具

处理单细胞液滴数据的实用程序


生物导体版本:释放(3.18)

提供许多实用功能,用于处理来自10X Genomics等液滴技术的单细胞(RNA-seq)数据。这包括从计数矩阵或分子信息文件中加载数据,从空液滴中识别细胞,去除条形码晃动的假细胞,以及对计数矩阵进行降采样。

作者:Aaron Lun[aut]、Jonathan Griffiths[ctb,cre]、Davis McCarthy[ctb]、Dongze He[ctb]、Rob Patro[ctb]

维护人员:乔纳森·格里菲斯(Jonathan Griffiths)<Jonathan.Griffiths.94 at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“DropletUtils”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“DropletUtils”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“DropletUtils”)
处理基于滴管的单细胞RNA-seq数据的实用程序 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 新闻报道,数据导入,基因表达式,免疫肿瘤学,RNA序列,排序,单个单元格,软件,转录组学
版本 1.22.0
在生物导体中 生物技术3.7(R-3.5)(6年)
许可证 GPL-3公司
取决于 单细胞实验
进口 实用程序、统计信息、方法、矩阵、Rcpp、,生物遗传学,S4载体,I范围,基因组范围,总结性实验,生物并行,DelayedArray(延迟阵列),延迟矩阵统计,HDF5阵列,rhdf5型,边缘R、R.utils、dqrng、,海滩上的人,舷窗
系统要求 C++11,GNU制造
统一资源定位地址
查看更多
建议 测试一下,knitr,仿生风格、rmarkdown、jsonlite、,DropletTest文件
链接到 卢比,海滩上的人,Rhdf5库、BH、dqrng、,舷窗
增强功能
取决于我 OSCA高级、OSCA简介、OSCA多采样、OSCA工作流
导入我 火焰,scCB2型,sc管道,单细胞TK,西班牙猎犬
建议我 雪花石膏.空间,解复用,DropletTest文件,Merfish数据,蒙莫萨,muscData(蘑菇数据),星云,空间实验,空间特征实验,空间LIBD,聚光灯
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 DropletUtils_1.22.0.tar.gz公司
Windows二进制 DropletsUtils_1.22.0.zip
macOS二进制(x86_64) DropletUtils_1.22.0.tgz公司
macOS二进制(arm64) DropletUtils_1.22.0.tgz公司
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DropletUtils网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/DropletUtils
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/DropletUtils网站/
包短Url https://bioductor.org/packages/DropletUtils(https://bioductor.org/packages/DropletUtils)/
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