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表等位基因R

快速、表位基因-软件甲基化呼叫者和报告者


生物导体版本:释放(3.18)

表位基因是有丝分裂和/或减数分裂遗传的特定DNA甲基化模式。该软件包使用二进制比对图(BAM)文件作为输入,调用并报告下一代测序数据中基因组区域或单个胞嘧啶水平的胞嘧啶甲基化以及高甲基化表位基因的频率。除此之外,该软件包还可以提取甲基化模式并评估甲基化的等位基因特异性。

作者:奥列克西·尼古拉年科

维护人员:Oleksii Nikolaienko在gmail.com>

引文(从R中输入引文(“表等位基因R”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“epialether R”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕(“表等位基因R”)
表等位基因R HTML格式 R脚本
HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 DNA甲基化,表观遗传学,甲基Seq,软件
版本 1.10.0
在生物导体中 生物化学3.13(R-4.1)(3年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=4.1)
进口 stats、methods、utils、,基因组范围,生物遗传学,基因组信息数据库,总结性实验,变量注释,数据表,Rcpp
系统要求 C++17,GNU制造
统一资源定位地址 https://github.com/BBCG/epialloR
错误报告 https://github.com/BBCG/epialleolR/issues网站
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 肾上腺素R_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 表等位基因R_1.10.0.zip
macOS二进制(x86_64) 表等位基因R_1.10.0.tgz
macOS二进制(arm64) 表等位基因R_1.10.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epialether R
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包装/表等位基因R
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/epialleol R/
包短Url https://bioconductor.org/packages/epialether R/
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