变异模式

突变过程的全基因组综合分析

生物导体版本：释放（3.18）

突变过程在基因组DNA中留下特征足迹。该软件包提供了一套全面的灵活功能，允许研究人员轻松评估和可视化健康样本、肿瘤样本或DNA修复缺陷细胞的基础替代目录中的多种突变模式。该软件包涵盖了广泛的模式，包括：突变特征、转录和复制链偏倚、损伤分离、基因组分布以及与基因组特征的关联，这些对研究突变过程的活动具有共同意义。该软件包适用于单核苷酸变体（SNV）、插入和删除（Indels）、双碱基取代（DBS）和更大的多碱基替代（MBS）。该软件包提供了重新提取突变签名和在单个样本水平上确定先前识别的突变签名贡献的功能。MutationalPatterns与常见的R基因组分析工作流集成，并允许与（公开可用的）注释数据轻松关联。

作者：弗里克·曼德斯[aut]，Francis Blokzijl[aut]，罗尔·扬森[aut]，尤里安·德坎特，鲁里卡·奥卡[ctb]，马克·范·罗斯梅伦[cre]，鲁本·范·博克斯特尔[aut，cph]，Edwin Cuppen[作者]

维护人员：马克·范·罗斯梅伦（Mark van Roosmalen）

引文（从R中输入引文（“变异模式”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“MutationalPatterns”）

对于旧版本的R，请参阅相应的生物导体释放.

文件

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“变异模式”）

变异模式简介	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

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细节

生物视图	遗传学,软件,体细胞突变
版本	3.12.0
在生物导体中	生物柴油3.4（R-3.3）（7.5年）
许可证	MIT+文件许可证
取决于	R（>=4.2.0），基因组范围（>=1.24.0），NMF（>=0.20.6）
进口	统计数据，S4载体,生物遗传学(>= 0.18.0),牛基因组（>=1.40.0），变量注释（>=1.18.1），dplyr（>=0.8.3），tibble（>=2.1.3），purrr（>=0.3.2），tidyr（>=1.0.0），stringr（>=1.4.0），magrittr（>=1.5），ggplot2（>=2.1.0），pracma（>=1.8.8），I范围(>= 2.6.0),基因组信息Db(>= 1.12.0),生物管柱（>=2.40.0），ggdendro（>=0.1-20），cowplot（>=0.9.2），g冲积层（>=0.12.2），RColorBrewer，方法
系统要求
统一资源定位地址	https://doi.org/doi:10.1186/s12864-2022年8月357-3日

建议	英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19(>= 1.4.0),仿生风格(>= 2.0.3),TxDb（发送日期）。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因(>= 3.2.2),生物反应器（>=2.28.0），网格额外（>=2.2.1），rtracklayer公司(>= 1.32.2),ccfindR公司(>= 1.6.0),基因组特征,注释Dbi测试，knitr，rmarkdown
链接到
增强功能
取决于我
导入我	RESOLVE（解决）
建议我	诉讼人
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	突变模式_3.12.0.tar.gz
Windows二进制	变异模式_3.12.0.zip
macOS二进制（x86_64）
macOS二进制（arm64）
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Mutational模式
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/变异模式
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/MutationalPatterns网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/Mutational模式/
软件包下载报告	下载统计信息