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RNA-Seq多映射读取量化工具

生物导体版本：释放（3.18）

RNA-Seq目前是常规使用的，它提供了有关基因转录的准确信息。然而，该方法不能准确估计重复基因的表达。以前曾使用过几种策略，但所有这些策略都提供了有偏见的结果。使用Rmmquant，如果读取的地图位于不同的位置，该工具会检测到相应的基因重复；它合并基因并创建一个合并的基因。然后，根据输入基因和合并的基因计算歧义读取数。Rmmquant是广泛使用的工具findOverlaps和featureCounts的替代品，它们以一种无偏见的方式处理多映射读取。

作者：兹特尼基·马提亚斯[aut，cre]

维护人员：Zytnicki Matthias<马蒂亚斯·Zytnicki at inra.fr>

引文（从R中输入引文（“Rmmquant”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“Rmmquant”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“Rmmquant”）

Rmmquant套餐	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	基因表达,软件,转录
版本	1.20.0
在生物导体中	生物技术3.8（R-3.5）（5.5年）
许可证	GPL-3公司
取决于	R（>=3.6）
进口	Rcpp（>=0.12.8），方法，S4载体,基因组学范围,总结性实验，开发工具，TBX20Bam子集,TxDb（发送日期）。Mmusculus。UCSC.mm9.已知基因,组织管理例会.db,DESeq2公司,阿佩格尔姆,仿生风格
系统要求	C++11
统一资源定位地址

建议	knitr，rmarkdown，测试
链接到	卢比
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	人民币_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	Rmmquant_1.20.0.zip室（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	人民币_1.20.0.tgz
macOS二进制（arm64）	人民币_1.20.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rmmquant网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包裹/Rmmquant
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/Rmmquant/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/Rmmquant/
软件包下载报告	下载统计信息