UMI4涂层
UMI4Cats：UMI-4C染色质接触数据的处理、分析和可视化
生物导体版本：释放（3.18）
UMI-4C是一种技术，可以利用超声处理步骤产生独特的分子标识符（UMI），帮助消除重复偏差，从而更好地比较不同条件下的染色质相互作用，从而表征与感兴趣诱饵的3D染色质相互作用。该包允许从测序设施提供的FastQ文件开始处理UMI-4C数据。它提供了两种用于检测差异接触的统计方法，并包括一个可视化功能，用于绘制UMI-4C分析的综合信息。
作者：米雷亚·拉莫斯·罗德里格斯[aut，cre]
，马克·苏比拉纳·格拉内斯[aut]，洛伦佐·帕斯夸利[aut'
维护人员：米雷亚·拉莫斯·罗德里格斯（Mireia Ramos-Rodriguez）<mireiarr9 at gmail.com>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“UMI4Cat”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“UMI4Cat”）
细节
| 生物视图 |
对齐,新闻报道,规范化,预处理,质量控制,排序,软件,可视化 |
| 版本 |
1.12.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.12（R-4.0）（3.5年） |
| 许可证 |
艺术-2.0 |
| 取决于 |
R（>=4.0.0），总结性实验 |
| 进口 |
魔法、牛皮图、天平、，基因组范围,ShortRead（短阅读），动物园，ggplot2，重塑2，区域R,I范围,S4矢量，magrittr，dplyr，牛基因组,生物串,DESeq2公司、R.utils、，Rsamtools公司，字符串，Rbowtie2型、方法、，基因组信息Db,基因组比对、RColorBrewer、utils、grDevices、stats、，组织Hs.eg.db,注释,TxDb（发送日期）。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因、rlang、，基因组特征,生物文件缓存拉普迪尔斯，fda，生物遗传学 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/Pasqual-lab/UMI4Cats网站 |
| 错误报告 |
https://github.com/Pasquali-lab/UMI4Cats/问题 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
