补偿

用于创建复杂基因组剖面图的R包

生物导体版本：释放（3.18）

recoup计算并绘制从下一代测序技术衍生的短序列读取创建的信号配置文件。所提供的剖面为汇总曲线剖面或热图剖面。目前，recoup支持从ChIP-Seq和RNA-Seq实验中获得的读取的基因组剖面图。该软件包分别使用ggplot2和ComplexHeatmap图形工具绘制曲线和热图覆盖情况。

作者：Panagiotis Moulos<弗莱明的Moulos>

维护人员：Panagiotis Moulos<弗莱明的Moulos>

引文（从R中输入引文（“收回”）)以下为：

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“恢复”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“补偿”）

生物视图	ATACSeq公司,对齐,ChIPSeq公司,芯片芯片,新闻报道,数据导入,基因表达,免疫肿瘤学,预处理,质量控制,RNA序列,排序,软件
版本	1.30.0
在生物导体中	生物多样性3.3（R-3.3）（8年）
许可证	GPL（>=3）
取决于	R（>=4.0.0），基因组范围,基因组比对，ggplot2，复杂热图
进口	生物遗传学,生物反应器,生物串，盘旋，基因组信息Db,基因组特征、图形、grDevices、httr、，I范围、方法、并行、RSQLite、，Rsamtools软件,rtracklayer公司,S4矢量，stats，字符串，utils
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/pmoulos/recoup

建议	网格，仿生风格、knitr、rmarkdown、zoo、RUnit、BiocManager、，牛基因组、RMySQL
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	补偿1.30.0.tar.gz
Windows二进制	recoup_1.30.0.zip
macOS二进制（x86_64）	补偿1.30.0.tgz
macOS二进制（arm64）	补偿1.30.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/recoup
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/恢复
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/recoup/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/recoup/
软件包下载报告	下载统计信息