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基因组信息Db

用于操作染色体名称的实用程序,包括修改它们以遵循特定的命名样式


生物导体版本:释放(3.18)

包含定义并允许在不同染色体序列命名约定(例如,“chr1”与“1”)之间进行转换的数据和函数,包括一个试图将序列名称按自然顺序而非词典顺序排列的函数。

作者:Sonali Arora[aut]、Martin Morgan[aut]、Marc Carlson[aut)、HervéPagès[aut,cre]、Prisca Chidimma Maduka[ctb]、Atuhurira Kirabo Kakopo[ctb]、Haleema Khan[ctb](从Swave到Rmarkdown/HTML的vignette翻译)、Emmanuel Chigozie Elendu[ctb]

维护人员:HervéPagès<hpages.on.github at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“GenomeInfoDb”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“GenomeInfoDb”)

对于旧版本的R,请参阅相应的生物导体释放.

文件

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“基因组信息Db”)
GenomeInfoDb:简介 PDF格式 R脚本
将生物体提交给GenomeInfoDb HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
简单任务genomeInfoDb 视频

细节

生物视图 注释,数据表示,遗传学,基因组注释,软件
版本 1.38.8
在生物导体中 生物技术2.14(R-3.1)(10年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=4.0.0),方法,生物遗传学(>=0.37.0),S4载体(>= 0.25.12),I范围(>= 2.13.12)
进口 stats、stats4、utils、RCurl、,基因组信息数据库数据
系统要求
统一资源定位地址 https://bioconductor.org/packages/GenomeInfoDb
错误报告 https://github.com/Bioconductor/GenomeInfoDb/issues
查看更多
建议 R.utils,数据表,基因组范围,Rsamtools软件,基因组比对,基因组特征,牛基因组,TxDb(发送日期)。梅勒诺加斯特。UCSC.dm3.ensGene公司,英国基因组。Scerevisiae公司。UCSC.sacCer2,英国基因组。西里根。UCSC.ce2号机组,英国基因组。哈皮恩斯。NCBI。GRCh38型、RUnit、,仿生风格,尼特尔
链接到
增强功能
取决于我 生物管柱,BR基因组学,牛基因组,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学旧金山分校hg38,英国基因组。哈皮恩斯。UCSC.hg38屏蔽,BSgenomeForge公司,颠簸猎人,ChIPComp公司,CODEX公司,CSAR公司,基因组比对,基因组特征,基因组范围,基因组二联体,gmapR(gmapR),格罗HMM,Hello范围,IdeoViz公司,Rsamtools软件,范围,UCSC重复遮罩,变量注释
导入我 雪花石膏.范围,过敏性失衡,放大器,AneuFinder(网络查找器),注释中心数据,注释器,ATACseqQC公司,ATACseqTFEA公司,阿泰纳,BaalChIP公司,舞会礼服,班布,基本基准基准序列,绑定SiteFinder,BioPlex公司,biovizBase公司,饼干制造商,业务连续性,英国广播公司,分支指针,断点R,bsseq公司,BUSpaRse公司,CAGEfightR公司,篮球运动员,CAGEr公司,卡德利诺,卡斯珀,cBioPortalData公司,CexoR公司,cfdnakit公司,cfDNAPro公司,奇姆拉维兹,ChIP分析仪,芯片富集,chiperich.data(芯片丰富数据),ChIPexoQual公司,ChIPpeakAnno公司,ChIP导引头,色度,色度VAR,CINdex公司,循环RNA分析器,清理上TSeq,cn.mops(中文),中国能源研究院,CNV过滤器,CNV电池,CNV愤怒,科吉托,comapr公司,compEpiTools公司,寻求共识,漏斗,复制数字绘图,crispr蝴蝶结,crisprBwa公司,薯片设计,CRISPseek公司,脆皮RVariants,crisprViz公司,计算机辅助焊接,自定义ProDB,DAME查找器,去肿瘤2Sig,深蓝色,解复用SNP,测深仪,derfinder图,德斯卡纳2,DEWSeq公司,差异Hic,差速器,DMR类别,DMR扫描,数据管理服务,多米诺效应,易捷航空,easyRNA序列,ELMER公司,enhancer同源搜索,丰富TF,集成数据库,信号群VEP,表等位基因R,EpiCompare公司,表观基因混合,会厌HMM,EpiMix公司,表观突变子,EpiTxDb公司,epivizr公司,epivizrData公司,epivizr独立,埃马,esATAC公司,事件指针,外部副本,exome峰值2,额外ChIP,事实R,结果IT2,fitCons公司。加州大学圣保罗分校hg19,火焰,弗雷泽,FunChIP,funtoo标准,GA4GH客户端,GA4GH小巧,gcapc公司,gDNAx公司,基因库,基因属性,基因组学,基因多态性,基因组间隔,基因组分布,基因组分布数据,基因组文件,基因组相互作用节点,基因组相互作用,基因组Ozone,基因组图,基因组得分,基因组状态,GenVisR系统,ggbio公司,格莫维兹,GOTHiC公司,GRaNIE公司,抓地力2db,灰色列表ChIP,指南eq,Gviz公司,格瓦斯卡特,h5vc公司,热浪,HiC支架,HiCDCPlus公司,HiCDOC公司,HiCE实验,高级联系人,HiTC公司,HTSeqGenie软件,编号2d,IMAS公司,InPAS公司,监督,交互集,IsoformSwitch分析仪,IVAS系统,核倍体R,卡特探测器,MADSEQ公司,MafDb.1Kgenomes.第1阶段.GRCh38,MafDb.1K基因组.phase1.hs37d5,MafDb.1K基因组.phase3.GRCh38,MafDb.1K基因组.phase3.hs37d5,MafDb公司。执行AC.r1.0.GRCh38,MafDb公司。执行AC.r1.0.hs37d5,MafDb。ExAC.r1.0-nonTCGA。GRCh38型,MafDb公司。ExAC.r1.0nonTCGA.hs37d5执行码,制造商Db.gnomAD.r2.1.GRCh38,MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5公司,MafDb.gnomADex.r2.1.GRCh38制造商,MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5公司,MafDb公司。TOPMedit.冷冻5.hg19,MafDb公司。TOPMedit.冷冻5.hg38,MafH5.标称AD.v3.1.2.GRCh38,水手,微波激射器,集合基因,元基因2,亚eqR2,甲基亚砜,方法继承模拟,甲基试剂盒,甲基管,甲基SeqData,甲基Sig,甲基脲,米菲,最小距离,MMAPPR2(MMAPPR2),蒙娜丽莎,马赛克,Motif2站点,motifbreakR图案,图案匹配器,鼠标FM,消息bsR,多棱镜,多HiC比较,MungeSumstats公司,音乐剧,变异模式,我变种,NAD查找器,nearBynding公司,净Dx,无RCE,normr公司,核素R,空范围,OGRE公司,OMICsPCA公司,ORFik公司,有机体.dplyr,面板.顶部,周期性DNA,相位cons100路。加州大学圣保罗分校hg19,phastCons100路。加州大学旧金山分校hg38,相位cons7路。加州大学旧金山分校.hg38,圆周率,管道框架,绘图员,交互作用,plyranges系列,podkat公司,婴儿车,预选赛,积极主动,剖面(profileplyr),ProteoDisco公司,PureCN公司,qp图,qsea公司,QuasR公司,R3CPET公司,r3序列,雷尔,Ragged实验,RareVariantVis系列,区域协调机构,重组生长激素,Rcis目标,重新计票,补偿,区域R,区域报告,REMP公司,Repitools公司,RESOLVE(解决),射频预测,RgnTX公司,rGREAT公司,RiboCrypt公司,Ribo配置文件,核糖SeqR,核糖体轮廓QC,RJMCMC核小体,RL序列,rna编辑,RNAmodR(无线电导航修改器),咆哮,RTCG工具箱,rtracklayer公司,扫描最小值,扫描MiRApp,scDblFinder,scmeth公司,scRNAseq应用程序,毛茸茸的,段序列,seqArchRplus系列,SeqArray(序列阵列),seqCAT,序列,芝麻,sesame数据,七摄氏度,SGSeq公司,ShortRead(短阅读),签字人,SigsPack系列,单分子足迹,西塔德拉,SNPhood公司,苏格兰民族党。Hsapiens.dbSNP144.GRCh37型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh38型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP149.GRCh38型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP150.GRCh38型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP155.GRCh37型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP155.GRCh38型,soGGi公司,躯体特征,SOMNiBUS公司,备用签名,斯帕齐,尖刺状的,拼接向导,拼接图,SPLINTER公司,斯纳迪夫,绞线检查,结构变量注释,总结性实验,svaNUMT公司,svaRetro公司,塔达尔,TAPseq公司,TCGAutils公司,TCGA工作流,TENxIO公司,TFBS工具,泰坦CNA,坦桑尼亚先令,轨迹查看器,转录本R,tRNAscanImport(tRNAscan导入),电视广播公司,tximeta公司,乌拉尔西奇,UMI4猫,VanillaICE公司,变量筛选,变量工具,VaSP公司,V绘图R,摇摆图,XtraSNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh37型,XtraSNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh38型,雅加达
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 基因组信息Db_1.38.8.tar.gz
Windows二进制 基因组信息Db_1.38.8.zip(仅64位)
macOS二进制(x86_64) 基因组信息Db_1.38.8.tgz
macOS二进制(arm64) 基因组信息Db_1.38.8.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomeInfoDb
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:软件包/GenomeInfoDb
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/GenomeInfoDb/
包短Url https://bioconductor.org/packages/GenomeInfoDb/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.18的旧源程序包 源存档