图案匹配器

R中的快速Motif匹配

生物导体版本：释放（3.19）

快速找到与许多图案和序列匹配的图案。包装MOODS motif调用库中的C++代码，该库由Pasi Rastas、Janne Korhonen和Petri Martinmäki开发。

作者：Alicia Schep，斯坦福大学

维护人员：Alicia Schep<aschep at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“motismatcher”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“motismatcher”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“motismatcher”）

生物视图	Motif注释,软件
版本	1.26.0
在生物导体中	生物技术3.6（R-3.4）（6.5年）
许可证	GPL-3+文件许可证
取决于	R（>=3.3）
进口	矩阵、Rcpp、方法，TFBS工具,生物串,牛基因组,S4载体,总结性实验,基因组范围,I范围,Rsamtools软件,基因组信息Db
系统要求	C++11语言
统一资源定位地址

建议	测试，针织者，rmarkdown，英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19
链接到	Rcpp、RcppArmadillo
增强功能
取决于我
导入我	ATACCoGAPS公司,ATACseqTFEA公司,enhancer同源搜索,丰富TF,表调节子,esATAC公司,页面排名,斯帕齐
建议我	CAGE工作流,色度VAR,GRaNIE公司,MethReg公司
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	图案匹配_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	motismatcher_1.26.0.zip图案（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	motismatcher_1.26.0.tgz
macOS二进制（arm64）
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/motismatcher
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/motismatcher
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/motifmatchr/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/motismatcher/
软件包下载报告	下载统计信息