ALDEx2型
考虑样品和尺度变化的差异丰度分析
生物导体版本:释放(3.18)
用于比较两种或多种条件的差异丰度分析。有助于分析标准RNA-seq或meta-RNA-seque分析的数据以及体外序列选择中的选择值和未选择值。使用Dirichlet多项式模型从计数推断丰度,并针对三个或更多实验重复进行优化。该方法根据Wilcoxon秩和检验和Welch的t检验(通过aldex.ttest)、Kruskal-Wallis检验(通过aldex.kw)、广义线性模型(通过aldes.glm)或相关性检验(通过alidex.corr),推断生物和取样变异,以计算预期的假发现率。所有测试报告均预测了p值,并对Benjamini-Hochberg校正后的p值进行了校正。ALDEx2还计算成对或非成对研究设计的预期标准化效应大小。ALDEx2现在可用于估计尺度对结果的影响,并报告结果的尺度依赖性稳健性。
作者:Greg Gloor、Andrew Fernandes、Jean Mackleim、Arianne Albert、Matt Links、Thomas Quinn、Jia Rong Wu、Ruth Grace Wong、Brandon Lieng、Michelle Nixon
维护人员:格雷格·格洛尔(Greg Gloor)
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“ALDEx2”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放。
文档
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浏览渐晕图(“ALDEx2”)
细节
生物视图 |
贝叶斯主义者,ChIPSeq公司,DNASeq公司,差异表达式,基因表达式,免疫肿瘤学,基因组,微生物组,后部p值,RNA序列,缩放模拟,排序,软件,转录组学 |
版本 |
1.34.0 |
在生物导体中 |
生物技术3.0(R-3.1)(9.5年) |
许可证 |
GPL(>=3) |
取决于 |
方法,统计,zCompositions,晶格,晶格Extra |
进口 |
快速,生物并行,基因组范围,I范围,S4矢量,总结性实验,multtest公司,直接标签 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/ggloor/ALDEx_bioc |
错误报告 |
https://github.com/ggloor/ALDEx_bioc/问题 |
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建议 |
测试,仿生风格、knitr、rmarkdown、purrr、ggpattern、ggplot2、cowplot、tidyverse、magick |
链接到 |
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增强功能 |
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取决于我 |
omicplotR公司 |
导入我 |
河坝的,微生物标记 |
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