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Bioconductor工作流包

生物导体版本:发布(3.18)

包裹 维护人员 标题
注释 生物导体包维护器 基因组注释资源
阵列 生物导体包维护器 使用生物导体进行微阵列分析
BiocMetaWorkflow(生物元工作流) 迈克·史密斯 关于发布BioC工作流的BioC工作流程
BP4RNA序列 孙善文 用于可重复RNA-seq分析的保姆包
CAGE工作流 马尔特·托德伯格 使用R/Bioconductor分析CAGE数据的分步指南
芯片序列数据库 亚伦·伦 检测ChIP-seq数据中差异结合的生物导体工作流
csaw用户指南 亚伦·伦 csaw用户指南
cytof工作流 马克·D·罗宾逊 CyTOF工作流:高通量高维细胞术数据集中的差异发现
EGSEA123公司 马修·瑞奇 利用EGSEA进行简单高效的集成基因集测试
ExpHunter套件 詹姆斯·珀金斯 转录组数据综合分析包
表达式规范化工作流 卡西基安·穆鲁格桑(Karthikeyan Murugesan) 基因表达规范化工作流
流动基因组学 斯图亚特·李 plyranges和tximeta工作流
基因调控 生物导体包维护器 通过序列匹配找到已知转录因子的候选结合位点
GeoMx工作流 麦迪·格里斯沃尔德 GeoMx数字空间轮廓仪(DSP)数据分析工作流
高通量分析 生物导体包装维护人员 使用高通量分析的生物导体
提升(liftOver) 生物导体包维护器 使用rtracklayer::liftOver更改基因组坐标系
maEnd到End 斯蒂芬妮·雷塞纳(Stefanie Reisenauer) 使用Affymetrix微阵列实现差异基因表达的端到端工作流程
甲基化阵列分析 约瓦娜·马克西莫维奇 用于分析甲基化阵列数据的跨包Bioconductor工作流。
重新计票工作流 莱昂纳多·科拉多·托雷斯 重新叙述工作流程:使用Bioconductor访问70000多个人类RNA-seq样本
RNA序列123 马修·瑞奇 RNA-seq分析与limma、Glimma和edgeR一样简单
rna序列DTU 迈克尔·洛夫 鲑鱼量化后差异转录使用的RNA-seq工作流程
rna序列基因 迈克尔·洛夫 RNA-seq工作流程:基因水平探索性分析和差异表达
RnaSeqGeneEdgeRQL 陈云顺 使用Rsubread和edgeR准相似管道进行基因级RNA-seq差异表达和通路分析
seqpac公司 丹尼尔·纳特 Seqpac:R中使用基于序列的计数进行小RNA分析的框架
排序 生物导体包维护器 序列数据生物导体简介
简单单细胞 亚伦·伦 使用Bioconductor对单细胞RNA-seq数据进行低级分析的分步工作流程
SingscoreAML变化 达尔梅什·D·布瓦 使用singscore从转录组特征预测AML突变
spicyWorkflow(spicy工作流) SOMS维护人员 执行多路组织成像数据的空间分析
TCGA工作流 蒂亚戈·切德劳伊·席尔瓦 TCGA工作流程使用Bioconductor软件包分析癌症基因组学和表观基因组学数据
变体 生物导体包维护器 注释基因组变异