DMCFB公司

基于贝叶斯函数方法的差异甲基化胞嘧啶

生物导体版本：释放（3.18）

DMFB是一种在亚硫酸氢盐测序数据中使用贝叶斯函数回归模型识别差异甲基化胞嘧啶的管道。通过使用功能回归数据模型，它试图捕获位置特异性、群体特异性和其他协变量特异性甲基化模式，以及甲基化数据的空间相关模式和未知基础模型。相对于真正的基础模型和包含任何协变量而言，它是稳健和灵活的，缺失值是使用位置和样本之间的空间相关性进行插补的。该方法采用贝叶斯方法进行估计和推理。

作者：Farhad Shokoohi【aut，cre】

维护人员：Farhad Shokoohi<icloud.com上的Shokoohi>

引文（从R中输入引文（“DMCFB”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“DMCFB”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“DMCFB”）

使用BS-Seq数据中的贝叶斯函数回归识别DMC	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	贝叶斯主义者,新闻报道,差异甲基化,回归,排序,软件
版本	1.16.1
在生物导体中	生物技术3.10（R-3.6）（4.5年）
许可证	GPL-3型
取决于	R（>=4.3.0），总结性实验、方法、，S4载体,生物并行,基因组范围,I范围
进口	utils，stats，speedglm，MASS，data.table，样条曲线，arm，rtracklayer公司，基准，tibble，矩阵统计，fastDummies，图形
系统要求
统一资源定位地址
错误报告	https://github.com/shokoohi/DMCFB/问题

建议	测试，knitr，rmarkdown，仿生风格
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
链接到我
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	DMCFB_1.16.1.tar.gz公司
Windows二进制	DMCFB_1.16.1.zip压缩包
macOS二进制（x86_64）	DMCFB_1.16.1.tgz公司
macOS二进制（arm64）	DMCFB_1.16.1.tgz公司
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DMCFB
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包装/DMCFB
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/DMCFB网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/DMCFB/
软件包下载报告	下载统计信息