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边缘R

R中数字基因表达数据的实证分析


生物导体版本:释放(3.18)

RNA-seq表达谱与生物复制的差异表达分析。实施了一系列基于负二项分布的统计方法,包括经验贝叶斯估计、精确检验、广义线性模型和拟似然检验。除RNA-seq外,它还可用于产生读取计数的其他类型基因组数据的差异信号分析,包括ChIP-seq、ATAC-seq、Bisulfite-seq,SAGE和CAGE。

作者:陈云顺(Yunsun Chen)、艾伦(Aaron TL Lun)、戴维斯·麦卡锡(Davis J McCarthy)、陈丽忠(Lizhong Chen),马修·里奇(Matthew E Ritchie)、贝琳达·菲普森(Belinda Phipson)、胡一芳(Yifang Hu)、周小贝(Xiaob

维护人员:陈云顺(Yunsun Chen)<于晨(yuchen)at wehi.edu.au>,戈登·史密斯(Gordon Smyth)<斯密思(Smyth)at wehi.edu.au>,亚伦·伦(Aaron Lun)<infine.monkeys.with.keyboards at gmail.com>,马克·罗宾逊(Mark Robinson)<马克·罗宾逊

引文(从R中输入引文(“edgeR”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“edgeR”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“edgeR”)
edgeR简介 HTML格式 R脚本
edgeR用户指南 PDF格式
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 交替拼接,BatchEffect(批次效果),贝叶斯主义者,生物医学信息学,细胞生物学,ChIPSeq公司,群集,新闻报道,DNA甲基化,差异表达式,差异甲基化,差分拼接,表观遗传学,功能基因组学,基因表达,GeneSet扩展,遗传学,免疫肿瘤学,多重比较,规范化,路径,质量控制,RNA序列,回归,SAGE公司,排序,单个单元格,软件,系统生物学,时间课程,转录,转录组学
版本 2016年4月4日
在生物导体中 生物碳2.3(R-2.8)(15.5年)
许可证 GPL(>=2)
取决于 R(>=3.6.0),利马(>= 3.41.5)
进口 方法、图形、统计、实用程序、locfit、Rcpp
系统要求
统一资源定位地址 https://bioinf.wehi.edu.au/edgeR/ https://bioconductor.org/packages/edgeR
查看更多
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链接到 卢比
增强功能
取决于我 ASpli公司,EGSEA123公司,内部专家,甲基锰,百万卢比,八度音阶,ReactomeGSA.数据,RNA序列123,rnaseqDTU,RnaSeqGeneEdgeRQL,RnaSeqSampleSize数据,RUVSeq公司,TCC(变矩器离合器),t跑步机
导入我 附加核心工具,方差2seq,ATACseqQC公司,自治,AWFisher公司,bay序列,啤酒,河坝的,生物质量控制,审查,ChromS磁带,循环RNA分析器,集群实验,CNV愤怒,计算机代码R,一致同意,科塞克,countsimQC(计数质量控制),十字形的,计算机辅助焊接,DaMiRseq公司,dce公司,清理机,DEFormats格式,DEG报告,DESpace公司,DEsubs公司,差异(diffcyt),差异Hic,差速器,DMR类别,剂量R,梦想家,DRIMSeq公司,DropletUtils公司,easyRNA序列,电子电气控制,埃格西,环境影响评估报告,emt数据,扩展浏览器,ercc仪表盘,ERSSA公司,ExpHunter套件,额外ChIP,GDCRN工具,基因组图,地理浏览器,gg4路,格利玛,GSEA基准,爱马仕,HTS过滤器,冰茶,推断,iSeed(搜索引擎代码),IsoformSwitch分析仪,KnowSeq(知识序列),马斯林2,桅杆R,MEB公司,MEDIPS公司,亚eqR2,微生物标记,ML序列,呻吟,Motif2站点,消息bsR,msms测试,多HiC比较,麝香葡萄酒,病原体统计,幻影,PhIP数据,ppcseq公司,正确,心灵病学,RCM公司,重新计票工作流,重新拼接,Repitools公司,报告工具,RNAseqCovarImpute(RNAseqCovar生效),RnaSeq样本大小,罗塞克,R差速器,scCB2型,scde(标准码),烤饼,尖叫声,屏幕R,SE工具,SIMD公司,单细胞信号,辛斯科,SingscoreAML变化,麻雀,空间热图,空间LIBD,斑点,飞溅,SPsimSeq软件,斯纳迪夫,斯纳普,标准R,静态Ra,特别行政区,TBSignatureProfiler(签名档案器),TCseq公司,交易序列,树科R,粗花呢,摄像机,x芯,纱线,锌波
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程序包档案

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源程序包 边缘R_4.0.16.tar.gz
Windows二进制 边缘R_4.0.16.zip
macOS二进制(x86_64) 边缘R_4.0.16.tgz
macOS二进制(arm64) 边缘R_4.0.16.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/edgeR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/edgeR
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/edgeR/
包短Url https://bioconductor.org/packages/edgeR/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.18的旧源程序包 源存档