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牛基因组

高效表示全基因组及其SNP的软件基础设施


生物导体版本:释放(3.18)

所有基于生物字符串的基因组数据包共享的基础设施。

作者:HervéPagès[aut,cre],Prisca Chidimma Maduka[ctb](将“replace”参数添加到forgeBSgenomeDataPkg())

维护人员:HervéPagès<hpages.on.github at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“BSgenome”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“BSgenome”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文件

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“BSgenome”)
使用Biostrings和BSgenome数据包进行高效基因组搜索 PDF格式 R脚本
如何伪造BSgenome数据包 PDF格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

详细信息

生物视图 注释,数据表示,遗传学,基础设施,SNP公司,序列匹配,软件
版本 1.70.2
在生物导体中 生物碳1.9(R-2.4)(17.5年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=2.8.0),方法,生物遗传学(>= 0.13.8),S4载体(>= 0.17.28),I范围(>= 2.13.16),基因组信息Db(>= 1.25.6),基因组范围(>= 1.31.10),生物串(>= 2.47.6),生物信息组织,无线电跟踪器(>= 1.39.7)
进口 utils、stats、matrixStats、,十六矢量,Rsamtools软件
系统要求
统一资源定位地址 https://bioconductor.org/packages/BS基因组
错误报告 https://github.com/Bioconductor/BSgenome/issues
查看更多
建议 生物技术经理,博科生物,英国基因组。西里根。UCSC.ce2号机组,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学旧金山分校hg38,英国基因组。哈皮恩斯。UCSC.hg38屏蔽,英国基因组。Mmusculus。UCSC毫米10,英国基因组。褐家鼠。UCSC.rn5号机组,英国基因组。Scerevisiae公司。加州大学旧金山分校sacCer1,英国基因组。哈皮恩斯。新冠肺炎。GRCh38型,TxDb(发送日期)。哈皮恩斯。UCSC.hg38.known基因,TxDb(发送日期)。Mmusculus。UCSC.mm10.known基因,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh38公司,XtraSNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh38公司,hgu95av2探头、RUnit、,BSgenomeForge公司
链接到
增强功能
取决于我 注释,班布,英国基因组。阿利拉塔。JGI.v1版,英国基因组。阿米利费拉。BeeBase.组件4,英国基因组。阿米利费拉。NCBI。阿米尔HAv3.1,英国基因组。阿米利费拉。UCSC.apiMel2公司,英国基因组。阿米利费拉。UCSC.apiMel2.屏蔽,英国基因组。Aofficinalis公司。NCBI。第1版,英国基因组。阿塔利亚纳。台湾04232008,英国基因组。阿塔利亚纳。TAIR公司。TAIR9公司,英国基因组。金牛座。UCSC.bosTau3号,英国基因组。金牛座。UCSC.bosTau3.屏蔽,英国基因组。金牛座。加州大学旧金山分校波士顿大学4,英国基因组。金牛座。UCSC.bosTau4.屏蔽,英国基因组。金牛座。UCSC.bosTau6大学,英国基因组。金牛座。UCSC.bosTau6.蒙面,英国基因组。金牛座。UCSC.bosTau8大学,英国基因组。金牛座。UCSC.bosTau9大学,英国基因组。B龙。UCSC.bosTau9.屏蔽,英国基因组。卡列蒂努姆。NCBI.v1号文件,英国基因组。西里根。UCSC.ce10,英国基因组。西里根。UCSC.ce第11版,英国基因组。西里根。UCSC.ce2号机组,英国基因组。西里根。UCSC.ce6号机组,英国基因组。家庭.UCSC.canFam2,英国基因组。Cfamiliaris.UCSC.canFam2.屏蔽,英国基因组。家庭.UCSC.canFam3,英国基因组。Cfamiliaris.UCSC.canFam3.屏蔽,英国基因组。贾克斯。加州大学加利福尼亚分校3,英国基因组。贾克斯。加州大学加利福尼亚分校Jac4,英国基因组。新生代VarGrubiiKN99.NCBI.ASM221672v1,英国基因组。克雷恩哈迪伊。JGI第5.6版,英国基因组。梅勒诺加斯特。UCSC.dm2号机组,英国基因组。梅勒诺加斯特。UCSC.dm2屏蔽,英国基因组。梅勒诺加斯特。UCSC.dm3公司,英国基因组。梅勒诺加斯特。UCSC.dm3屏蔽,英国基因组。梅勒诺加斯特。加州大学旧金山分校.dm6,英国基因组。德雷奥.UCSC.danRer10,英国基因组。德雷奥.UCSC.danRer11,英国基因组。德雷奥.UCSC.danRer5,英国基因组。Drerio.UCSC.danRer5.屏蔽,英国基因组。德雷奥.UCSC.danRer6,英国基因组。Drerio.UCSC.danRer6.屏蔽,英国基因组。德雷奥.UCSC.danRer7,英国基因组。Drerio.UCSC.danRer7.屏蔽,英国基因组。德比利斯。乐团.dvircaf1,英国基因组。埃科利。NCBI.20080805号,英国基因组。加库拉图斯。UCSC.gasAcu1号机组,英国基因组。加库拉图斯。UCSC.gasAcu1.屏蔽,英国基因组。格加卢斯。UCSC.镀锌3,英国基因组。格加卢斯。UCSC.galGal3.屏蔽,英国基因组。格加卢斯。UCSC镀锌4,英国基因组。格加卢斯。UCSC.galGal4.屏蔽,英国基因组。格加卢斯。UCSC镀锌5,英国基因组。格加卢斯。UCSC镀锌6,英国基因组。G最大值。NCBI。Gmv40型,英国基因组。Hsapiens.1000基因组.hs37d5,英国基因组。哈皮恩斯。NCBI。GRCh38型,英国基因组。哈皮恩斯。NCBI。T2T型。CHM13v2.0版本,英国基因组。哈皮恩斯。UCSC.hg17号机组,英国基因组。哈皮恩斯。UCSC.hg17屏蔽,英国基因组。哈皮恩斯。UCSC第18页,英国基因组。哈皮恩斯。UCSC.hg18.屏蔽,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19,英国基因组。哈皮恩斯。UCSC.hg19屏蔽,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学旧金山分校hg38,英国基因组。哈皮恩斯。UCSC.hg38.dbSNP151主要,英国基因组。哈皮恩斯。UCSC.hg38.dbSNP151.次要,英国基因组。哈皮恩斯。UCSC.hg38屏蔽,英国基因组。哈皮恩斯。UCSC.hs1号机组,英国基因组。姆多梅斯蒂卡。UCSC.monDom5公司,英国基因组。束线菌属.NCBI.5.0,英国基因组。束线菌属.NCBI.6.0,英国基因组。姆夫罗。UCSC.musFur1,英国基因组。穆拉塔。UCSC.rheMac10号机组,英国基因组。穆拉塔。UCSC.rheMac2号机组,英国基因组。穆拉塔。UCSC.rheMac2.屏蔽,英国基因组。穆拉塔。UCSC.rheMac3号机组,英国基因组。穆拉塔。UCSC.rheMac3.屏蔽,英国基因组。穆拉塔。加州大学旧金山分校,英国基因组。姆穆苏卢斯。UCSC毫米10,英国基因组。姆穆苏卢斯。UCSC.mm10.屏蔽,英国基因组。姆穆苏卢斯。加州大学旧金山分校.mm39,英国基因组。姆穆苏卢斯。UCSC毫米8,英国基因组。姆穆苏卢斯。UCSC.mm8.屏蔽,英国基因组。Mmusculus。UCSC毫米9,英国基因组。姆穆苏卢斯。UCSC.mm9.屏蔽,英国基因组。奥萨提瓦。密歇根州立大学。MSU7系列,英国基因组。帕尼修斯。UCSC.面板1,英国基因组。帕尼修斯。UCSC.面板2,英国基因组。翼状体。UCSC.panTro2公司,英国基因组。翼状体。UCSC.panTro2.屏蔽,英国基因组。翼状体。UCSC.panTro3号机组,英国基因组。翼状体。UCSC.panTro3.屏蔽,英国基因组。翼状体。UCSC.panTro5号机组,英国基因组。翼状体。UCSC.panTro6号机组,英国基因组。褐家鼠。UCSC.rn4号机组,英国基因组。褐家鼠。UCSC.rn4.屏蔽,英国基因组。褐家鼠。UCSC.rn5号机组,英国基因组。褐家鼠。UCSC.rn5.屏蔽,英国基因组。褐家鼠。UCSC.rn6型,英国基因组。褐家鼠。UCSC.rn7号机组,英国基因组。Scerevisiae公司。加州大学旧金山分校sacCer1,英国基因组。Scerevisiae公司。UCSC.sacCer2,英国基因组。Scerevisiae。UCSC.sacCer3,英国基因组。斯克罗法。UCSC.susScr11,英国基因组。斯克罗法。加州大学旧金山分校.susScr3,英国基因组。斯克罗法。UCSC.susScr3.屏蔽,英国基因组。特刚迪。弓形虫数据库7.0,英国基因组。特古塔塔。UCSC.taeGut1公司,英国基因组。特古塔塔。UCSC.taeGut1.屏蔽,英国基因组。特古塔塔。UCSC.taeGut2号机组,英国基因组。维尼费拉。URGI公司。IGGP12Xv0型,英国基因组。维尼费拉。URGI公司。IGGP12Xv2,英国基因组。维尼费拉。URGI公司。IGGP8X系列,BSgenomeForge公司,ChIP分析仪,GOTHiC公司,HelloRanges(HelloRange),leeBam视图,MEDIPS公司,周期性DNA,红色序列,rGADEM公司,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh37型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh38公司,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP149.GRCh38型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP150.GRCh38型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP155.GRCh37型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP155.GRCh38型,VarCon公司,XtraSNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh37型,XtraSNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh38公司
导入我 过敏性失衡,大约8R,ATACseqQC公司,在SNP,跳动,英国基因组。阿利拉塔。JGI.v1版,英国基因组。阿米利费拉。BeeBase.组件4,英国基因组。阿米利费拉。NCBI。AmelHAv3.1版本,英国基因组。阿米利费拉。UCSC.apiMel2公司,英国基因组。阿米利费拉。UCSC.apiMel2.屏蔽,英国基因组。Aofficinalis公司。新冠肺炎。第1版,英国基因组。阿塔利亚纳。台湾04232008,英国基因组。阿塔利亚纳。TAIR公司。楼梯9,英国基因组。金牛座。UCSC.bosTau3号,英国基因组。金牛座。UCSC.bosTau3.屏蔽,英国基因组。金牛座。UCSC.bosTau4大学,英国基因组。金牛座。UCSC.bosTau4.屏蔽,英国基因组。金牛座。UCSC.bosTau6大学,英国基因组。金牛座。UCSC.bosTau6.屏蔽,英国基因组。金牛座。UCSC.bosTau8大学,英国基因组。金牛座。UCSC.bosTau9大学,英国基因组。金牛座。UCSC.bosTau9.屏蔽,英国基因组。卡列蒂努姆。NCBI.v1号文件,英国基因组。西里根。UCSC.ce10,英国基因组。西里根。UCSC.ce第11版,英国基因组。西里根。UCSC.ce2号机组,英国基因组。西里根。UCSC.ce6号机组,英国基因组。家庭.UCSC.canFam2,英国基因组。Cfamiliaris.UCSC.canFam2.屏蔽,英国基因组。家庭.UCSC.canFam3,英国基因组。Cfamiliaris.UCSC.canFam3.屏蔽,英国基因组。贾克斯。加州大学加利福尼亚分校3,英国基因组。贾克斯。加州大学加利福尼亚分校Jac4,英国基因组。新生代VarGrubiiKN99.NCBI.ASM221672v1,英国基因组。克里特岛。JGI第5.6版,英国基因组。梅勒诺加斯特。UCSC.dm2号机组,英国基因组。梅勒诺加斯特。UCSC.dm2.骨架,英国基因组。梅勒诺加斯特。UCSC.dm3公司,英国基因组。梅勒诺加斯特。UCSC.dm3屏蔽,英国基因组。梅勒诺加斯特。UCSC.dm6号机组,英国基因组。德雷奥.UCSC.danRer10,英国基因组。德雷奥.UCSC.danRer11,英国基因组。德雷奥.UCSC.danRer5,英国基因组。Drerio.UCSC.danRer5.屏蔽,英国基因组。德雷奥.UCSC.danRer6,英国基因组。Drerio.UCSC.danRer6.屏蔽,英国基因组。德雷奥.UCSC.danRer7,英国基因组。Drerio.UCSC.danRer7.屏蔽,英国基因组。德比利斯。乐团.dvircaf1,英国基因组。埃科利。NCBI.20080805号,英国基因组。加库拉图斯。UCSC.gasAcu1号机组,英国基因组。加库拉图斯。UCSC.gasAcu1.屏蔽,英国基因组。格加卢斯。UCSC.镀锌3,英国基因组。格加卢斯。UCSC.galGal3.屏蔽,英国基因组。Ggallus。UCSC镀锌4,英国基因组。格加卢斯。UCSC.galGal4.屏蔽,英国基因组。格加卢斯。UCSC镀锌5,英国基因组。Ggallus。UCSC镀锌6,英国基因组。G最大值。NCBI。Gmv40型,英国基因组。Hsapiens。NCBI。GRCh38型,英国基因组。哈皮恩斯。NCBI。T2T型。CHM13v2.0型,英国基因组。哈皮恩斯。UCSC.hg17号机组,英国基因组。哈皮恩斯。UCSC.hg17屏蔽,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学旧金山分校hg18,英国基因组。哈皮恩斯。UCSC.hg18.屏蔽,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19,英国基因组。哈皮恩斯。UCSC.hg19.屏蔽,英国基因组。哈皮恩斯。UCSC.hs1号机组,英国基因组。姆多梅斯蒂卡。UCSC.monDom5公司,英国基因组。束线菌属.NCBI.5.0,英国基因组。束线菌属.NCBI.6.0,英国基因组。姆夫罗。UCSC.musFur1,英国基因组。穆拉塔。UCSC.rheMac10号机组,英国基因组。穆拉塔。UCSC.rheMac2号机组,英国基因组。穆拉塔。UCSC.rheMac2.屏蔽,英国基因组。穆拉塔。UCSC.rheMac3号机组,英国基因组。穆拉塔。UCSC.rheMac3.屏蔽,英国基因组。穆拉塔。UCSC.rheMac8号机组,英国基因组。姆穆苏卢斯。加州大学旧金山分校.mm10,英国基因组。姆穆苏卢斯。UCSC.mm10.屏蔽,英国基因组。姆穆苏卢斯。UCSC毫米39,英国基因组。姆穆苏卢斯。UCSC毫米8,英国基因组。姆穆苏卢斯。UCSC.mm8.屏蔽,英国基因组。姆穆苏卢斯。UCSC毫米9,英国基因组。姆穆苏卢斯。UCSC.mm9.屏蔽,英国基因组。奥萨提瓦。密歇根州立大学。MSU7系列,英国基因组。帕尼修斯。UCSC.面板1,英国基因组。帕尼修斯。UCSC.面板2,英国基因组。翼状体。UCSC.panTro2公司,英国基因组。翼状体。UCSC.panTro2.屏蔽,英国基因组。翼状体。UCSC.panTro3号机组,英国基因组。翼状体。UCSC.panTro3.masked UCSC.panTro3.masked UCSC.panTro3.masked UCSC.panTro3.masked UCSC.panTro3.masked UCSC.panTro3.masked,英国基因组。翼状体。UCSC.panTro5号机组,英国基因组。翼状体。UCSC.panTro6号机组,英国基因组。褐家鼠。UCSC.rn4号机组,英国基因组。褐家鼠。UCSC.rn4.屏蔽,英国基因组。褐家鼠。UCSC.rn5号机组,英国基因组。褐家鼠。UCSC.rn5.屏蔽,英国基因组。褐家鼠。UCSC.rn6号机组,英国基因组。褐家鼠。UCSC.rn7号机组,英国基因组。Scerevisiae。加州大学旧金山分校sacCer1,英国基因组。Scerevisiae公司。UCSC.sacCer2,英国基因组。Scerevisiae公司。UCSC.sacCer3,英国基因组。斯克罗法。UCSC.susScr11,英国基因组。斯克罗法。UCSC.susScr3,英国基因组。斯克罗法。UCSC.susScr3.屏蔽,英国基因组。特刚迪。弓形虫数据库7.0,英国基因组。特古塔塔。UCSC.taeGut1公司,英国基因组。特古塔塔。UCSC.taeGut1.屏蔽,英国基因组。特古塔塔。UCSC.taeGut2号机组,英国基因组。维尼费拉。URGI公司。IGGP12Xv0型,英国基因组。维尼费拉。URGI公司。IGGP12Xv2,英国基因组。维尼费拉。乌尔吉。IGGP8X系列,bsseq公司,BUSpaRse公司,CAGEr公司,色度VAR,循环RNA分析器,清理上TSeq,cliProfiler(剪辑档案器),crispr蝴蝶结,crisprBwa公司,crispr设计,CRISPseek公司,克里斯普塞克普卢斯,crisprViz公司,差异Hic,dpeak(峰值),enhancer同源搜索,丰富TF,esATAC公司,事件指针,外显子峰2,fitCons公司。加州大学圣保罗分校hg19,弗雷泽,gcapc公司,基因组学,基因组分布数据,GenVisR系统,ggbio公司,gmapR(gmapR),灰色列表ChIP,指南当量,Gviz公司,hi注释器,HiCDCPlus公司,InPAS公司,IsoformSwitch分析仪,卡特探测器,m6增压,疯狂的,MafDb.1Kgenomes.第1阶段.GRCh38,MafDb.1K基因组.phase1.hs37d5,MafDb.1K基因组.phase3.GRCh38,MafDb.1K基因组.phase3.hs37d5,MafDb公司。执行AC.r1.0.GRCh38,MafDb公司。执行AC.r1.0.hs37d5,MafDb公司。ExAC.r1.0-nonTCGA。GRCh38型,MafDb公司。ExAC.r1.0nonTCGA.hs37d5执行码,制造商Db.gnomAD.r2.1.GRCh38,MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5公司,MafDb.gnomADex.r2.1.GRCh38制造商,MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5公司,MafDb公司。TOPMedit.冷冻5.hg19,MafDb公司。TOPMedit.冷冻5.hg38,MafH5.标称AD.v3.1.2.GRCh38,methrix公司,甲基寻求者,MMDiff2(最大差值2),蒙娜丽莎,Motif2站点,motifbreakR图案,图案匹配器,消息bsR,多棱镜,MungeSumstats公司,音乐剧,突变模式,ORFik公司,相位cons100路。加州大学圣保罗分校hg19,相位cons100路。加州大学旧金山分校hg38,相位cons7路。加州大学旧金山分校hg38,发出砰的声响,管道框架,podkat公司,qsea公司,QuasR公司,R453Plus 1工具箱,雷尔,突击搜查,RareVariantVis系列,区域协调机构,区域R,REMP公司,爬行动物,决心,核糖体轮廓QC,RNAmodR基因,scmeth公司,范围,seqArchRplus系列,签字人,SigsPack系列,单分子足迹,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh37型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh38公司,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP149.GRCh38型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP150.GRCh38型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP155.GRCh37型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP155.GRCh38型,稀疏签名,斯帕齐,尖刺状的,拼接向导,TAPseq公司,TFBS工具,,tRNAscanImport(tRNAscan导入),乌拉尔西奇,UMI4猫,变量注释,变量筛选,变量工具,XNA字符串,XtraSNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh37型,XtraSNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh38公司
建议我 生物串,biovizBase公司,ChIPpeakAnno公司,芯片序列,差异绑定,easyRNA序列,环境影响评估报告,事实R,基因区域扫描,基因组信息Db,基因组比对,基因组特征,基因组范围,镁铁质工具,亚eqR2,MiRaGE公司,绘图员,ProteoDisco公司,PWMEnrich公司,QDNAseq公司,补偿,RiboCrypt公司,无线电跟踪器,西塔德拉
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 英国基因组_1.70.2.tar.gz
Windows二进制 英国基因组-1.70.2.zip
macOS二进制(x86_64) 英国基因组_1.70.2.tgz
macOS二进制(arm64) 英国基因组_1.70.2.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BS基因组
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:软件包/BS基因组
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/BS基因组/
包短Url https://bioconductor.org/packages/BS基因组/
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