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Gviz公司

沿着基因组坐标绘制数据和注释信息


生物导体版本:释放(3.18)

基因组数据分析需要对已知基因组信息和新的实验数据进行综合可视化。Gviz使用biomRt和rtracklayer包向Ensembl和UCSC执行实时注释查询,并将其转换为网格图形包视口中的基因/转录结构。这将导致基因组信息与您的数据一起绘制。

作者:Florian Hahne[aut]、Steffen Durinck[aut'、Robert Ivanek[aut、cre]、阿恩·穆勒[aut]、史蒂夫·利安诺格鲁[aut'、格·坦[aut][、兰斯·帕森斯[aut[、Shraddha Pai[aut4]、托马斯·麦卡锡[ctb]、费利克斯·恩斯特[ctb][、迈克·史密斯[ctb]

维护人员:unibas.ch>的Robert Ivanek

引文(从R中输入引文(“Gviz”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“Gviz”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“Gviz”)
Gviz用户指南 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 微阵列,排序,软件,可视化
版本 1.46.1
在生物导体中 生物技术2.10(R-2.15)(12年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=4.3),方法,S4载体(>= 0.9.25),I范围(>= 1.99.18),基因组范围(>=1.17.20),网格
进口 十六矢量(>= 0.5.7),rtracklayer公司(>=1.25.13),晶格,RColorBrewer,生物反应器(>= 2.11.0),注释Dbi(>= 1.27.5),博科生物(>= 2.15.3),基因组特征(>= 1.17.22),集成数据库(>= 2.11.3),牛基因组(>=1.33.1),生物串(>= 2.33.11),biovizBase公司(>= 1.13.8),Rsamtools软件(>=1.17.28),latticeExtra(>=0.6-26),matrixStats(>=0.8.14),基因组比对(>= 1.1.16),基因组信息数据库(>= 1.1.3),生物遗传学(>=0.11.3),摘要(>=0.6.8),图形,grDevices,stats,utils
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/ivanek/Gviz
错误报告 https://github.com/ivanek/Gviz/issues网站
查看更多
建议 英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19,xml2,仿生风格knitr,rmarkdown,测试
链接到
增强功能
取决于我 生物病毒RCNS,奇姆拉维兹,西塞罗,彗星,cummeRbund公司,配对DMR,甲基化阵列分析,Pviz公司,rna序列基因
导入我 过敏性失衡,ASpli公司,CAGEfightR公司,comapr公司,crisprViz公司,DMR类别,DMR分类数据,ELMER公司,表观突变子,额外ChIP,基因结构工具,基因组相互作用,微波激射器,mCSEA公司,用餐,甲基管,motifbreakR图案,食人魔,发出砰的声响,基本TSS,regutools公司,RNAmodR(无线电导航修改器),RNAmodR(导航修正)。碱性系列,RNAmodR(导航修正)。RiboMethSeq(RiboMeth序列),SPLINTER公司,斯纳迪夫,塔达尔,轨迹查看器,电视广播公司,取消覆盖库,变量筛选
建议我 annmap(自动地图),绑定SiteFinder,CAGE工作流,细胞基R,芯片序列数据库,中国能源研究院,CNV愤怒,深蓝色,集成数据库,鱼塘,基因组范围,格瓦斯卡,交互式显示,InterMineR公司,圆周率,pqsfinder(pqsfinder),QuasR公司,Rn珠子,分段器,单一.mTEC。转录组,拼接图,TFutils(TFutils)
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 绿色_1.46.1绿色
Windows二进制 Gviz_1.46.1.zip文件
macOS二进制(x86_64) Gviz_1.46.1.tgz
macOS二进制(arm64) Gviz_1.46.1.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Gviz
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/Gviz
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/Gviz/
包短Url https://bioconductor.org/packages/Gviz/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.18的旧源程序包 源存档