清理上TSeq

cleanUpdTSeq从寡核苷酸（dT）介导的3'末端RNA序列数据中清除多聚腺苷酸化位点的伪影

生物导体版本：释放（3.18）

该软件包实现了一个Naive Bayes分类器，通过过滤出虚假的多聚腺苷酸化位点（主要是由于反转录期间寡核苷酸（dT）介导的内部启动），准确区分真的多聚腺酸化位点（pA位点）和寡核苷酸介导的3'末端序列，如PAS-Seq、PolyA-Seq和RNA-Seq。该分类器具有较高的精度，优于其他启发式方法。

作者：Sarah Sheppard、Haibo Liu、Jianhong Ou、Nathan Lawson、Lihua Julie Zhu

维护人员：欧建宏<建宏。Ou在duke.edu>；李华·朱莉（Lihua Julie Zhu）。朱在umassmed.edu>

引文（从R中输入引文（“cleanUpdTSeq”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“cleanupUpdTSeq”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“cleanUpdTSeq”）

清理TSeq小品	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	3’端排序,排序,软件,内部启动注水,聚腺苷酸化位点
版本	1.40.0
在生物导体中	生物技术2.13（R-3.0）（10.5年）
许可证	GPL-2型
取决于	R（>=3.5.0），BS基因组。德雷奥.UCSC.danRer7，方法
进口	牛基因组,基因组范围，序列号，e1071，生物串,基因组信息Db,I范围、utils、stringr、stats、，S4载体
系统要求
统一资源定位地址

建议	仿生风格、rmarkdown、knitr、RUnit、，生物遗传学(>= 0.1.0)
链接到
增强功能
取决于我
导入我	InPAS公司
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	清理TSeq_1.40.0.tar.gz
Windows二进制	清理TSeq_1.40.0.zip（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	清除TSeq_1.40.0.tgz
macOS二进制（arm64）	清除TSeq_1.40.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cleanUpdTSeq
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/cleanUpdTSeq
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/cleanUpdTSeq/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/cleanUpdTSeq/
软件包下载报告	下载统计信息