基因组学评分
与全基因组位置特定分数协同工作的基础设施
生物导体版本：释放（3.18）
提供基础设施以存储和访问R和Bioconductor内的全基因组位置特定分数。
作者：罗伯特·卡斯特罗[aut，cre]，鲍·普伊格德瓦尔[ctb]，巴勃罗·罗德里格斯[ctb]
维护人员：罗伯特·卡斯特罗（Robert Castelo）<upf.edu的罗伯特·卡斯特罗（Robert.Castelo）>
引文（从R中输入引文（“GenomicScores”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“GenomicScores”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览Vignette（“基因组评分”）
细节
| 生物视图 |
注释,注释Hub软件,新闻报道,遗传学,基础设施,排序,软件 |
| 版本 |
2.14.3 |
| 在生物导体中 |
生物活性炭3.5（R-3.4）（7年） |
| 许可证 |
艺术-2.0 |
| 取决于 |
R（>=3.5），S4载体(>= 0.7.21),基因组范围、方法、，生物遗传学(>= 0.13.8) |
| 进口 |
stats、utils、XML、httr、，博科生物，生物技术经理，生物文件缓存,I范围(>= 2.3.23),生物串,基因组信息Db,批注Hub,rhdf5型,DelayedArray（延迟阵列）,HDF5阵列 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/rcastelo/GenomicScores网站 |
| 错误报告 |
https://github.com/rcastello/GenomicScores/问题 |
查看更多
| 建议 |
RUnit公司，仿生风格、knitr、rmarkdown、，变量注释,格瓦斯卡特、RColorBrewer、shinny、shinyjs、shinycustomloader、data.table、DT、magrittr、shinnydashboard、，英国基因组。哈皮恩斯。加州大学旧金山分校hg38,相位cons100路。加州大学旧金山分校hg38,MafDb.1K基因组.phase1.hs37d5,MafH5.标称AD.v3.1.2.GRCh38,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh37型,TxDb（发送日期）。哈皮恩斯。UCSC.hg38.known基因 |
| 链接到 |
|
| 增强功能 |
|
| 取决于我 |
AlphaMissense.v2023.hg19,AlphaMissense.v2023.hg38型,cadd.v1.6.hg19,cadd.v1.6.hg38,fitCons公司。加州大学圣保罗分校hg19,MafDb.1Kgenomes.第1阶段.GRCh38,MafDb.1K基因组.phase1.hs37d5,MafDb.1K基因组.phase3.GRCh38,MafDb.1K基因组.phase3.hs37d5,MafDb。执行AC.r1.0.GRCh38,MafDb公司。执行AC.r1.0.hs37d5,MafDb公司。ExAC.r1.0-nonTCGA。GRCh38型,MafDb公司。ExAC.r1.0nonTCGA.hs37d5执行码,制造商Db.gnomAD.r2.1.GRCh38,MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5公司,MafDb.gnomADex.r2.1.GRCh38制造商,MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5公司,MafDb公司。TOPMed防冻液5.hg19,MafDb。TOPMedit.冷冻5.hg38,MafH5.标称AD.v3.1.2.GRCh38,相位cons100路。加州大学圣保罗分校hg19,相位cons100路。加州大学旧金山分校hg38,相位Cons30way。加州大学旧金山分校hg38,相位cons35路。UCSC毫米39,相位cons7路。加州大学旧金山分校hg38,phyloP35途径。UCSC毫米39 |
| 导入我 |
大约8R,ATACseqQC公司,基本TSS,RareVariantVis系列,变量筛选 |
| 建议我 |
methrix公司 |
| 指向我的链接 |
|
| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
