斯纳迪夫
从RNA-seq数据中寻找差异表达的未标记基因组区域
生物导体版本：释放（3.18）
srnadiff是一个软件包，它可以在基本分辨率级别从RNA-seq数据中找到不同表达的区域，而不依赖于现有的注释。为此，该软件包实现了基于将两种流水线方法相结合的思想的识别-然后-注释方法，即差异表达区域检测和差异表达量化。它读取BAM文件作为输入，并输出不同区域的列表以及调整后的p值。
作者：Zytnicki Matthias[aut，cre]，Gonzalez Ignacio[aut]
维护人员：Zytnicki Matthias<马蒂亚斯·Zytnicki at inra.fr>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“srnadiff”）
对于旧版本的R，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“srnadiff”）
细节
| 生物视图 |
新闻报道,微分表达式,表观遗传学,基因表达式,免疫肿瘤学,预处理,小RNA,软件,统计方法 |
| 版本 |
1.22.2 |
| 在生物导体中 |
生物技术3.7（R-3.5）（6年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
R（>=3.6） |
| 进口 |
Rcpp（>=0.12.8），方法，开发工具，S4载体,基因组信息Db,rtracklayer公司,摘要实验,I范围,基因组范围,DESeq2公司,边缘R,bay序列,Rsamtools软件,基因组特征,基因组比对，gr设备，Gviz公司,生物并行,仿生风格，生物技术经理 |
| 系统要求 |
C++11语言 |
| 统一资源定位地址 |
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查看更多
| 建议 |
knitr、rmarkdown、testtat、BiocManager、，仿生风格 |
| 链接到 |
卢比 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
