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CAGEfightR公司

使用生物导体的基因表达(CAGE)数据的Cap分析


生物导体版本:释放(3.18)

CAGE是一种广泛使用的高通量检测方法,用于测量转录起始位点(TSS)活性。CAGEfightR是一个R/Bioconductor包,用于执行CAGE和5'端数据的广泛通用数据分析任务。核心功能包括:导入CAGE TSS(CTSSs),标记(或单向)聚类用于TSS鉴定,双向聚类用于增强子鉴定,用转录和基因模型注释,TSS和增强子表达的相关性,TSS形状的计算,将CAGE表达量化为表达矩阵和基因组浏览器可视化。

作者:马尔特·托德伯格

维护人员:马尔特·托德伯格(Malte Thodberg)

引文(从R中输入引文(“CAGEfightR”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“CAGEfightR”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“CAGEfightR”)
CAGEfightR简介 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 注释,新闻报道,数据导入,数据表示,基因表达式,基因调控,基因组浏览器,规范化,峰值检测,预处理,排序,软件,转录,转录组学,可视化
版本 1.22.0
在生物导体中 生物技术3.7(R-3.5)(6年)
许可证 GPL-3+文件许可证
取决于 R(>=3.5),基因组范围(>= 1.30.1),rtracklayer公司(>= 1.38.2),总结性实验(>= 1.8.1)
进口 pryer(>=0.1.3),断言(>=0.2.0),方法(>=3.6.3),矩阵(>=1.2-12),生物遗传学(>= 0.24.0),S4载体(>= 0.16.0),I范围(>= 2.12.0),基因组信息Db(>= 1.14.0),基因组特征(>= 1.29.11),基因组比对(>= 1.22.1),生物并行(>= 1.12.0),基因组文件(>= 1.14.0),Gviz公司(>= 1.22.2),交互集(>= 1.9.4),基因组相互作用(>= 1.15.1)
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/MalteTodberg/CAGEfightR
错误报告 https://github.com/MalteThodberg/CAGEfightR/issues网站
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建议 knitr、rmarkdown、,仿生风格,组织管理例会.db,发送数据库。姆穆苏卢斯。UCSC.mm9.known基因
链接到
增强功能
取决于我 CAGE工作流
导入我 CAGEr公司
建议我 纳米管
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 CAGE图R_1.22.0.tar.gz
Windows二进制 CAGEfightR_1.22.0.zip码
macOS二进制(x86_64) CAGE图R_1.22.0.tgz
macOS二进制(arm64) CAGE图R_1.22.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CAGEfightR网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/CAGEfightR
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/CAGEfightR网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/CAGEfightR网站/
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