CAGEfightR公司
使用生物导体的基因表达(CAGE)数据的Cap分析
生物导体版本:释放(3.18)
CAGE是一种广泛使用的高通量检测方法,用于测量转录起始位点(TSS)活性。CAGEfightR是一个R/Bioconductor包,用于执行CAGE和5'端数据的广泛通用数据分析任务。核心功能包括:导入CAGE TSS(CTSSs),标记(或单向)聚类用于TSS鉴定,双向聚类用于增强子鉴定,用转录和基因模型注释,TSS和增强子表达的相关性,TSS形状的计算,将CAGE表达量化为表达矩阵和基因组浏览器可视化。
作者:马尔特·托德伯格
维护人员:马尔特·托德伯格(Malte Thodberg)
引文(从R中输入引文(“CAGEfightR”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“CAGEfightR”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“CAGEfightR”)
细节
生物视图 |
注释,新闻报道,数据导入,数据表示,基因表达式,基因调控,基因组浏览器,规范化,峰值检测,预处理,排序,软件,转录,转录组学,可视化 |
版本 |
1.22.0 |
在生物导体中 |
生物技术3.7(R-3.5)(6年) |
许可证 |
GPL-3+文件许可证 |
取决于 |
R(>=3.5),基因组范围(>= 1.30.1),rtracklayer公司(>= 1.38.2),总结性实验(>= 1.8.1) |
进口 |
pryer(>=0.1.3),断言(>=0.2.0),方法(>=3.6.3),矩阵(>=1.2-12),生物遗传学(>= 0.24.0),S4载体(>= 0.16.0),I范围(>= 2.12.0),基因组信息Db(>= 1.14.0),基因组特征(>= 1.29.11),基因组比对(>= 1.22.1),生物并行(>= 1.12.0),基因组文件(>= 1.14.0),Gviz公司(>= 1.22.2),交互集(>= 1.9.4),基因组相互作用(>= 1.15.1) |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/MalteTodberg/CAGEfightR |
错误报告 |
https://github.com/MalteThodberg/CAGEfightR/issues网站 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。