TCG生物链

TCGAbiolinks：用于GDC数据综合分析的R/Bioconductor包

生物导体版本：释放（3.18）

TCGAbiolinks的目标是：i）促进GDC开放存取数据检索，ii）使用适当的预处理策略准备数据，iii）提供进行不同标准分析的方法，iv）轻松重现早期的研究结果。更详细地说，该软件包提供了多种分析方法（例如差异表达分析、识别差异甲基化区域）和可视化方法（例如生存图、火山图、星爆图），以便轻松开发完整的分析管道。

作者：安东尼奥·科拉普里科（Antonio Colaprico）、蒂亚戈·切德劳伊·席尔瓦（Tiago Chedraoui Silva）、凯瑟琳娜·奥尔森（Catharina Olsen）、卢西亚诺·加罗法诺（Luciano Garofano）、大卫德·加罗里尼（Davide Garolini）、克劳迪娅·卡瓦（Claudia Cava）、泰斯·萨贝多特（Thais Sabedot）、塔提安·马耳他（Tathiane

维护人员：蒂亚戈·切德劳伊·席尔瓦（Tiago Chedraoui Silva），安东尼奥·科拉普里科（Antonio Colaprico），迈阿密医学院（med.miami.edu>）

引文（从R中输入引文（“TCGAbiolinks”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.软件包（“BiocManager”）BiocManager:：install（“TCGAbiolinks”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“TCGAbiolinks”）

1.简介	HTML格式	R脚本
10.分类器	HTML格式	R脚本
10.TCG生物链接_扩展	HTML格式	R脚本
11.Stemness评分	HTML格式	R脚本
2.搜索GDC数据库	HTML格式	R脚本
3.下载和准备分析文件	HTML格式	R脚本
4.临床数据	HTML格式	R脚本
5.突变数据	HTML格式	R脚本
6.TCGA分子亚型的编制	HTML格式	R脚本
7.分析和可视化TCGA数据	HTML格式	R脚本
8.案例研究	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	DNA甲基化,微分表达式,差异甲基化,基因表达式,基因调控,甲基化阵列,网络,路径,排序,软件,存续
版本	2.30.4
在生物导体中	生物技术3.2（R-3.2）（8.5年）
许可证	GPL（>=3）
取决于	R（>=4.0）
进口	下载程序（>=0.4），grDevices，生物反应器，dplyr，图形，tible，基因组学范围，XML（>=3.98.0），data.table，jsonlite（>=1.0.0），plyr，knitr，methods，ggplot2，stringr（>=10.0），I范围，服务器（>=0.3.0），统计，实用程序，S4矢量、R.utils、，总结性实验(>= 1.4.0),TCG生物链接GUI.data（>=1.15.1），readr，tools，tidyr，purrr，xml2，httr（>=1.2.1）
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks网站
错误报告	https://github.com/BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks/issues

建议	jpeg、png、，生物风格、rmarkdown、开发工具、，黑手党、帕尔米根、c3net、，地雷,博科生物,阿菲，测试，芝麻,批注Hub,实验中心,路径视图,clusterProfiler（群集探查器）、修拉、，复杂热图，盘旋，ConsensusClusterPlus协议、图表、，superHex（超十六进制）,利马,边缘R,特别行政区,EDASeq公司、survminer、，基因过滤器，gridExtra，survivity，doParallel，parallel，ggexist（>=0.6.3），scales，grid，DT
链接到
增强功能
取决于我
导入我	ELMER公司,米尔拉布,月光灯R,SingscoreAML变化,TCGA工作流
建议我	GeoTcga数据,iNET格栅,音乐剧
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在您的R会话中使用此软件包的说明。

源程序包	TCG生物链接_2.30.4.tar.gz
Windows二进制	TCG生物链接_2.30.4.zip
macOS二进制（x86_64）	TCGA生物链接_2.30.4.tgz
macOS二进制（arm64）
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TCGA生物链接
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包装/TCGA生物链接
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/TCGAbiolinks/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/TCGA生物链接/
软件包下载报告	下载统计信息
BioC 3.18的旧源程序包	源存档