蛋白质与DNA，SK的盐依赖性缔合的非线性Poisson-Boltzmann预测_{pred（前）}对原子电荷的选择相当不敏感，半径、内介电常数和生物分子边界的处理和溶剂。在本研究中，我们表明SK_{pred（前）}与参与生物分子结合过程的伴侣的构象适应性高度相关。这一点在与DNA复合物中的古生菌沃氏焦球菌TATA-结合蛋白（PwTBP）的野生型和突变型中得到了证明，我们对其采用不同的方案进行了分子力学能量最小化，并进行了分子动力学模拟，然后计算了SK_{pred（前）}对结果结构的影响。研究发现，DNA和蛋白质之间的分子间非键合力场能量与SK呈显著线性相关_{pred（前）}这种相关性包括普华永道TBP的野生型和突变型变体，并为我们提供了一种快速估算SK的方法_{pred（前）}从分子动力学或蒙特卡罗模拟生成的大型结构集合中。相应的实验SK_{光突发事件}还应与蛋白质和DNA之间的分子间非键合力场能量相关，因为结合和盐依赖性效应的潜在机制实际上是蛋白质/肽与核酸结合的主要贡献者。我们表明，可以将实验与蛋白质和DNA之间的分子间非键合力场能量进行拟合，并使用此关系预测SK_{光突发事件}以绝对数表示。因此，我们提出了两种新的方法来估计SKpred和SK_{光突发事件}用于硅模型普华永道TBP新突变体，甚至用于其他生物体的TBP。这是一个简单但强大的工具，可以建议对TBP-DNA型大分子组装体进行新的实验。最后，我们提出了一些突变体以及溶剂盐度变化如何影响蛋白质与DNA结合的可能生物学解释。