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第3卷第5期
分子动力学模拟中的泊松-玻耳兹曼溶剂

王军、谭春虎、谭玉红、卢强和罗雷

Commun公司。计算。物理。,3(2008),第1010-1031页。

在线发布:2008-03

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  • 摘要

近年来,基于泊松-玻尔兹曼理论的隐式溶剂无论是在数值解还是解析近似形式上都有了显著的改进。特别值得注意的是,对稳定动力学模拟的隐式溶剂进行了改进和修订。鉴于这些技术进步,与更昂贵的显式溶剂相比,隐式溶剂的质量现在受到关注。上述非极性溶剂的新发展以及其他方面的综述也将导致生物分子的更精确模拟。我们还触及了隐性溶剂面临的新挑战。这就是如何将这些溶剂合并到新兴的极化力场中。正如最近探索的将静电和非静电成分耦合在一起的方法一样,所有隐含溶剂的假设也可能带来新的挑战。此外,混合溶剂最终可能成为动力学模拟的现实,即使这在计算生物化学的早期就已被提出。这种混合溶剂很可能会提供必要的准确度,因为它们不再平均出溶质/溶剂耦合至关重要的研究中感兴趣的自由度。

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近年来,基于泊松-玻尔兹曼理论的隐式溶剂有了显著的改进,无论是以数值解还是解析近似的形式。特别值得注意的是,对稳定动力学模拟的隐式溶剂进行了改进和修订。鉴于这些技术进步,与更昂贵的显式溶剂相比,隐式溶剂的质量现在受到了关注。上述非极性溶剂的新发展以及其他方面的综述也将导致生物分子的更精确模拟。我们还触及了隐性溶剂面临的新挑战。这就是如何将这些溶剂合并到新兴的极化力场中。正如最近探索的将静电和非静电成分耦合在一起的那样,所有隐式溶剂的假设也可能带来新的挑战。此外,混合溶剂最终可能成为动力学模拟的现实,即使这在计算生物化学的早期就已被提出。这种混合溶剂很可能会提供必要的准确度,因为它们不再平均出溶质/溶剂耦合至关重要的研究中感兴趣的自由度。

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近年来,基于泊松-玻尔兹曼理论的隐式溶剂无论是在数值解还是解析近似形式上都有了显著的改进。特别值得注意的是,对稳定动力学模拟的隐式溶剂进行了改进和修订。鉴于这些技术进步,与更昂贵的显式溶剂相比,隐式溶剂的质量现在受到了关注。上述非极性溶剂的新发展以及其他方面的综述也将导致生物分子的更精确模拟。我们还触及了隐性溶剂面临的新挑战。这就是如何将这些溶剂合并到新兴的极化力场中。正如最近探索的将静电和非静电成分耦合在一起的方法一样,所有隐含溶剂的假设也可能带来新的挑战。此外,混合溶剂最终可能成为动力学模拟的现实,即使这在计算生物化学的早期就已被提出。这种混合溶剂很可能会提供必要的准确度,因为它们不再平均出溶质/溶剂耦合至关重要的研究中感兴趣的自由度。

王军、谭春虎、谭玉红、卢强和罗雷。(2020). 分子动力学模拟中的泊松-玻耳兹曼溶剂。计算物理中的通信.(5).1010-1031.数字对象标识:
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