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生物串

生物串的有效操作


生物导体版本:释放(3.19)

内存高效的字符串容器、字符串匹配算法和其他实用程序,用于快速操作大型生物序列或序列集。

作者:HervéPagès[aut,cre],Patrick Aboyoun[aut],Robert Gentleman[aut',Saikat DebRoy[aut],Vince Carey[ctb],Nicolas Delhomme[ctb],Felix Ernst[ctb]Wolfgang Huber[ctb]('matchprobes'vignette),Haleema Khan[ctb'(从Swave转换为RMarkdown的‘matchprobe’vignettee),Aidan Lakshman[ctb,Kieran O'Neill[ctb],Valerie Obenchain[tb],Marcel Ramos[ctb],Albert Vill[ctb],Jen Wokaty[ctb](将“火柴探针”小插曲从Sweave转换为RMarkdown),Erik Wright[ctb]

维护人员:HervéPagès<hpages.on.github at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“生物串”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“Biostrings”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“生物串”)
生物字符串2中定义的基本类的简短介绍 PDF格式 R脚本
生物串快速概述 PDF格式
处理探针序列信息 HTML格式 R脚本
多条路线 PDF格式 R脚本
成对序列对齐 PDF格式
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 对齐,数据导入,数据表示,遗传学,基础设施,序列匹配,排序,软件
版本 2.72.0
在生物导体中 BioC 1.6(R-2.1)或更早(>19年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=4.0.0),生物遗传学(>= 0.37.0),S4载体(>= 0.27.12),I范围(>= 2.31.2),十六矢量(>= 0.37.1),基因组信息Db
进口 方法、utils、grDevices、stats、crayon
系统要求
网址 https://bioductor.org/packages/Biostrings生物导管
错误报告 https://github.com/Bioconductor/Biostrings/issues网站
查看更多
建议 绘图,pwalign公司,牛基因组(>= 1.13.14),英国基因组。西里根。UCSC.ce2号机组(>= 1.3.11),英国基因组。梅勒诺加斯特。UCSC.dm3公司(>= 1.3.11),英国基因组。哈皮恩斯。加州大学旧金山分校hg18,果蝇2探针,hgu95av2探头,hgu133停机坪,基因组特征(>= 1.3.14),hgu95av2cdf,阿菲(>= 1.41.3),艳阳花(>=1.11.5),单位,仿生风格,尼特尔
链接到 S4载体,I范围,X矢量
增强功能 Rmpi公司
取决于我 雪花石膏串,阿尔奇德芬夫斯,放大器,基本4Cseq,大脑,牛基因组,BSgenomeForge公司,奇姆拉维兹,ChIP分析仪,ChIPsim公司,切割器,CODEX公司,CRISPseek公司,DECIPHER公司,深SNV,FDb公司。FANTOM4.promoters.hg19型,基因区域扫描,基因调控,基因组比对,GOTHiC公司,哈勃ChIP,HelloRanges(HelloRange),hiReads处理器,iPAC公司,JASPAR2014年,烤羊肉串,方法目标NGS,米菲,Modstrings模式,MotifDb公司,motif测试R,海事处,肌肉,NestLink公司,,ORF搜索,pd.ag公司,pd.aragene.1.0.st,pd.aragenee.1.1.st版,pd.ath1.121501,pd.巴利1,pd.bovgene.1.0.st版,pd.bovgene.1.st文件,pd.绵羊,pd.枯草杆菌,pd.范围.1.0.st,pd.范围.1.1.st,pd.嘌呤,pd.犬齿。2,pd.线虫,pd.鸡肉,pd.希根.1.0.st,pd.chigene.1.st文件,pd.chogene.2.0.st,pd.chogenee.2.1.st版,pd.柑橘,pd.clariom.d.人类,pd.clariom.s.人类,pd.clariom.s.human.ht公司,pd.clariom.s.mouse公司,pd.clariom.s.mouse.ht公司,pd.clariom.s.rat公司,pd.clariom.s.rat.ht公司,pd.棉花,pd.语法.1.0.st,pd.cyngene.1.st版本,pd.cyrgene.1.0.st版,pd.cyrgene.1.1.st版,pd.cytogenetics.阵列,pd.dogene.1.0.st版,pd.drogene.1.st(产品描述),玫瑰基因组1,果蝇2型,pd.大肠杆菌.2,大肠杆菌,电子邮箱.asv2,pd.elegene.1.0.st,pd.elegene.1.st版,pd.equgene.1.0.st,pd.equgene.1.1.st版,pd.felgene.1.0.st,pd.felgene.1.st文件,pd.fingene.1.0.st,pd.fingene.1.st文件,pd.基因组5,pd.全基因组snp.6,pd.guigene.1.0.st,pd.guigene.1.st文件,pd.hc.g110号文件,聚焦,pd.hg.u133.加.2,pd.hg.u133a型,钯汞铀133a.2,pd.hg.u133a.标签,pd.hg.u133b型,pd.hg.u219型,pd.hg.u95a型,pd.hg.u95av2型,pd.hg.u95b型,pd.hg.u95c型,pd.hg.u95d型,pd.hg.u95e型,pd.hg18.60mer.expr公司,pd.ht.hg.u133.plus.pm文件,pd.ht.hg.u133a型,pd.ht.mg.430a,pd.hta.2.0版,pd.hu6800型,pd.huex.1.0.st.v2,pd.hugene.1.0.st.v1,pd.hugene.1.1.st.v1版本,pd.hugene.2.0.st,pd.匈牙利.2.1.st,pd.尺寸,pd.映射250k.nsp,pd.mapping250k.sty公司,pd.mapping50k.hind240,pd.映射50k.xba240,pd.margene.1.0.st版,pd.大号.1.1.st,pd.medgene.1.0.st,pd.medgene.1.st(零件编号:,pd.医学,pd.mg.u74a型,pd.mg.u74av2,pd.mg.u74b型,pd.mg.u74bv2,pd.mg.u74c型,pd.mg.u74cv2型,局部mirna.1.0,pd.mirna.2.0版,局部mirna.3.0,pd.米尔纳4.0,pd.moe430a公司,pd.moe430b公司,pd.moex.1.0.st.v1,pd.mogene.1.0.st.v1,pd.mogene.1.1.st.v1,pd.mogene.2.0.st(pd.mogen.2.0.st),pd.发电机.2.1.st,pd.鼠标430.2,pd.鼠标430a.2,pd.mta.1.0版,pd.mu11ksuba公司,pd.mu11k橡胶,pd.nugo.hs1a520180,pd.nugo.mm1a520177,pd.卵生.1.0.st,第.1.1.st页,pd.pae.g1a,磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷,pd.pollar公司,pd.猪,pd.porgene.1.0.st版,pd.porgene.1.1.st文件,pd.rabgene.1.0.st,pd.rabgene.1.st文件,pd.rae230a型,pd.rae230b型,pd.raex.1.0.st.v1,pd.ragen.1.0.st.v1,pd.代理1.1.st.v1,pd.代理.2.0.st,pd.代理2.1.st,局部额定值230.2,第1.0版,pd.rcngenee.1.1.st文件,pd.rg.u34a型,pd.rg.u34b型,pd.rg.u34c,pd.rhegene.1.0.st,pd.rhegene.1.st文件,pd.rhesus公司,pd.冰,pd.rjpgene.1.0.st版,pd.rjpgene.1.1.st文件,pd.rn.u34号,局部放射治疗1.0,pd.rusgene.1.0.st,pd.rusgene.1.st文件,pd.s.aureus公司,pd.大豆,pd.大豆.1.0.st,pd.大豆.1.1.st,pd.甘蔗,pd.托马托,页码:U1133.x3p,葡萄球菌,pd.wheat公司,pd.x.laevis.2号,pd.x.热带,pd.xenobus.laevis公司,pd.酵母.2,pd.yg.s98型,pd.zebgene.1.0.st,pd.zebgene.1.st,pd.斑马鱼,周期性DNA,pqs指示器,pwalling(pwallign),PWMEnrich公司,QSutils公司,R453Plus 1工具箱,R4RNA,rBLAST公司,红色序列,rGADEM公司,Ribbo配置文件,rRDP公司,Rsamtools软件,RSV模拟,桑杰分析仪,sangerseqR公司,扫描。通用产品代码,SELEX公司,排序,ShortRead(短阅读),SIC工具,SimFFPE公司,ssviz公司,构造字符串,svaNUMT公司,系统管道R,自上而下,变速箱R,树总结实验,三联体,VarCon公司
导入我 过敏性失衡,AneuFinder(网络查找器),注释中心数据,大约8R,评估员,ATACseqQC公司,BBC分析仪,B等级,bc序列,跳动,BgeeCall公司,biovizBase公司,脑流量探针,分支指针,bsseq公司,嗯哼,BUSpaRse公司,大提琴曲目,Cell条形码,更改峰值注释,ChIPseqR公司,ChIPsim公司,色度VAR,循环RNA分析器,圆形序列对齐Tk,清理上TSeq,cliProfiler(剪辑档案器),CNEr公司,CNV过滤器,齿轮传动装置,compEpiTools公司,同意DE,科顿,crispr底座,crispr蝴蝶结,crispr设计,crisprScore公司,清爽闪亮,脆皮RVariants,crisprViz公司,自定义ProDB,数据2,dag徽标,DAME查找器,少女,去肿瘤2Sig,差异Hic,DNAshapeR公司,支配效应,双重麻烦,easyRNA序列,EDASeq公司,enhancer同源搜索,集成数据库,信号群VEP,EpiTxDb公司,esATAC公司,优生,欧洲路径数据库,事件指针,exome峰值2,事实R,快速清洁剂,FDb。无限甲基化.hg18,FDb公司。无限甲基化.hg19,火焰,GA4GH客户端,gcapc公司,全球气候变化评估,gDNAx公司,基因区域扫描,基因结构工具,基因组学,基因组自同构,基因组比对,基因组分布,基因组特征,基因组得分,GenVisR系统,ggbio公司,ggmsa,吉拉菲,gmapR(gmapR),格莫维兹,GRaNIE公司,指南eq,Gviz公司,格瓦斯卡特,h5维生素c,热浪,HiCDCPlus公司,HiLDA公司,HiTC公司,HTSeqGenie软件,冰茶,国际数据保护协会,InPAS公司,内部专家,InterMineR公司,离子加速器,ipdDb接口,IsoformSwitch分析仪,KEGGREST公司,LinT和,淋巴顺序,m6增压,MADSEQ公司,MatrixRider公司,MDTS公司,MEDIPS公司,MEDME公司,模因,MesKit(网格工具包),MetaScope(元作用域),元序列R2,甲基亚砜,有条不紊的,甲基管,甲基化酶,米娅,微生物群,微生物数据集,微生物标记,微生物菌剂工艺,微小RNA,MMDiff2(最大差值2),移动RNA,蒙娜丽莎,Motif2站点,motifbreakR图案,图案计数器,图案匹配器,动机堆栈,MSA2分布,MSnID(MSnID),MSstatsLiP公司,MS统计PTM,多晶体管,MungeSumstats公司,音乐,突变模式,纳米MethViz,NanoStringNC工具,ngs报告,核反应堆,寡头类,OmaDB公司,openPrimeR(打开底漆),ORFik公司,OTU基地,packFinder(包查找器),pd.081229.hg18.发起人.medip.hx1,pd.2006.07.18.hg18.refseq.提示符,pd.2006.07.18.mm8.参考序列号,pd.2006.10.31.rn34.refseq.罗马特,pd.atdschip.瓷砖,pd.charm.hg18示例,pd.feinberg.hg18.me.hx1,pd.feinberg.mm8.me.hx1,局部mirna.3.1,pdInfoBuilder,Phylon配置文件,PhyloProfile数据,品学兼优,管道框架,植物人,podkat公司,聚酯纤维,初级TSS,问题BAMr,原核细胞,ProteoDisco公司,PureCN公司,Pviz公司,qPLEX分析仪,qsea公司,夸脱PAC,QuasR公司,r3C当量,雷尔,拉米瓦斯,区域协调机构,卢比,补偿,区域R,regutools公司,REMP公司,Repitools公司,RESOLVE(解决),射频放大器室,rGADEM公司,RiboCrypt公司,核糖体轮廓QC,RNAmodR(无线电导航修改器),rpr定时器,Rqc(质量控制),rtracklayer公司,沙克,扫描最小值,扫描MiRApp,剪刀,scmeth公司,范围,scoreInvHap评分,sc管道,毛茸茸的,seqArchR,seqArchRplus系列,SeqArray(序列阵列),seqpac公司,seqPattern(序列模式),SGSeq公司,签字人,信号包装,单一的,单分子足迹,西塔德拉,SNPhood公司,soGGi公司,躯体特征,稀疏签名,尖刺状的,拼接向导,SPLINTER公司,固态断路器,结构变量注释,超级igs,表面活性剂,svaRetro公司,突触,同步扩展,SynMut公司,同义词,系统管道数据,TAPseq公司,TFBS工具,过境,tRNA,tRNAdb导入,tRNAscanImport(tRNAscan导入),电视广播公司,tx转换器,tximeta公司,乌拉尔西奇,UMI4猫,普世运动,变量注释,变型实验,变量筛选,变量工具,wavClusteR(波浪俱乐部),XNA字符串,雅加达
建议我 雪花石膏.files,注释,批注表单,批注中心,自治,班布,银行,BeadArray用例,生物遗传学,BR基因组学,CINdex公司,CSAR公司,环境影响评估报告,基因组文件,基因组范围,基因组二联体,GWA工具,Hi联系人,HPiP公司,黑手党,methrix公司,甲基脲,MiRaGE公司,丝裂原克隆2,nuCpos(数字位置),交互作用,RNA模块R。碱性系列,rpx公司,rSWeeP公司,rTRM公司,屏幕计数器,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh37型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh38型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP149.GRCh38,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP150.GRCh38型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP155.GRCh37型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP155.GRCh38型,斯帕齐,飞溅,系统管道工具,,脱扣器,XtraSNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh37型,XtraSNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh38型,十六矢量
链接到我 DECIPHER公司,烤羊肉串,MatrixRider公司,pwalling(pwallign),Rsamtools软件,ShortRead(短阅读),三联体,变量注释,变量筛选
生成报告 生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 生物串_2.72.0.tar.gz
Windows二进制 生物字符串_2.72.0.zip(仅64位)
macOS二进制(x86_64) 生物字符串_2.72.0.tgz
macOS二进制(arm64) 生物字符串_2.72.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Biostrings网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/生物串
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/Biostrings网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/Biostrings网站/
软件包下载报告 下载统计信息