自上而下

自上而下蛋白质组学中片段化条件的研究

生物导体版本：释放（3.18）

自顶向下程序包允许对碎片状况进行自动和系统的调查。它创建了Thermo Orbitrap Fusion Lumos方法文件来测试数百个碎片条件。此外，它还提供了分析和处理生成的MS数据的功能，并确定最佳条件，以最大限度地提高整体碎片覆盖率。

作者：塞巴斯蒂安·吉布，Pavel Shliaha[aut]，奥勒·诺雷加德·延森[aut]

维护人员：塞巴斯蒂安·吉布（Sebastian Gibb）<邮件地址：sebastiangibb.de>

引文（从R中输入引文（“topdownr”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.软件包（“BiocManager”）BiocManager:：install（“topdownr”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“自上而下”）

生物视图	新闻报道,免疫肿瘤学,基础设施,质谱学,蛋白质组学,软件
版本	1.24.0
在生物导体中	生物技术3.6（R-3.4）（6.5年）
许可证	GPL（>=3）
取决于	R（>=3.5）、方法，生物遗传学(>= 0.20.0),ProtGenerics公司(>= 1.10.0),生物串(>= 2.42.1),S4矢量（>=0.12.2）
进口	grDevices、stats、tools、utils、，博科生物，矩阵（>=1.4-2），M数据库（>=2.3.10），ggplot2（>=2.2.1），毫兹罗(>= 2.27.5)
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/sgibb/topdowner/
错误报告	https://github.com/sgibb/topdownr/issues网站/

建议	自上而下（>=0.2），knitr，rmarkdown，ranger，testhat，生物风格，xml2
链接到
增强功能
取决于我	自上而下
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在您的R会话中使用此软件包的说明。

源程序包	自上而下_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	顶部向下_1.24.0.zip
macOS二进制（x86_64）	自上而下_1.24.0.tgz
macOS二进制（arm64）	自上而下_1.24.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/topdownr
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/自顶向下
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/topdownr/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/topdownr/
软件包下载报告	下载统计信息