XNA字符串
修饰寡核苷酸序列的高效操作
生物导体版本:释放(3.18)
XNAString软件包允许在单个物体中描述碱基序列和相关的化学修饰。XNAString能够捕获单链和双链分子。化学修饰被表示为与分子的不同特征(碱基序列、糖序列、骨架序列、修饰)相关联的独立字符串,并且可以读取或写入HELM符号。它还可以使用来自ViennaRNA的RNAfold进行二级结构预测。XNAString旨在有效地表示基于核酸的疗法,因此它存储有关目标序列的信息,并为Biostrings软件包中的匹配和对齐功能提供接口。
作者:Anna Górska[aut]、Marianna Plucinska[aut,cre]、Lykke Pedersen[aut]、Lukasz Kielpinski[aut】、Disa Tehler[aut’、Peter H.Hagedorn[aut
维护人员:玛丽安娜·普卢辛斯卡(Marianna Plucinska)
引文(从R中输入引文(“XNAString”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“XNAString”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“XNAString”)
细节
生物视图 |
对齐,遗传学,序列匹配,排序,软件 |
版本 |
1.10.0 |
在生物导体中 |
生物化学3.13(R-4.1)(3年) |
许可证 |
GPL-2型 |
取决于 |
R(>=4.1) |
进口 |
实用程序,生物管柱,牛基因组,数据表,基因组范围,I范围,方法,Rcpp,字符串,S4载体,future.apply,字符串,可格式化,统计 |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。