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同意DE

使用多种算法进行RNA-seq分析


生物导体版本:释放(3.18)

此软件包允许用户使用多种算法执行DE分析。它从多种方法中寻求共识。目前它支持“Voom”、“EdgeR”和“DESeq”。它使用RUV-seq(可选)删除不需要的变化源。

作者:Ashley J.Waardenberg【aut,cre】,Martha M.Cooper【ctb】

维护人员:Ashley J.Waardenberg<a.Waardenberg在gmail.com>

引文(从R中输入引文(“consensusDE”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“consensusDE”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“consensusDE”)
同意DE HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 群集,多重比较,排序,软件,转录组学
版本 1.20.0
在生物导体中 生物技术3.8(R-3.5)(5.5年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=3.5),生物遗传学
进口 气道,注释Dbi,生物并行,博科生物,生物串,数据表,右旋糖,DESeq2公司(>=1.2.0),EDASeq公司,集成数据库,边缘R,EnsDb公司。哈皮恩斯v86,基因组比对,基因组特征,利马,组织Hs.eg.db,pca方法、R Color Brewer、,Rsamtools软件,RUVSeq公司,S4载体,统计,总结性实验,发送数据库。梅勒诺加斯特。UCSC.dm3.ensGene公司,实用程序
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 同意DE_1.20.0.tar.gz
Windows二进制 同意DE_1.20.0.zip
macOS二进制(x86_64) 同意DE_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64) 同意DE_1.20.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/consunsusDE网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:套餐/共识DE
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/consunsusDE网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/consensusDE网站/
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