同意DE
使用多种算法进行RNA-seq分析
生物导体版本:释放(3.18)
此软件包允许用户使用多种算法执行DE分析。它从多种方法中寻求共识。目前它支持“Voom”、“EdgeR”和“DESeq”。它使用RUV-seq(可选)删除不需要的变化源。
作者:Ashley J.Waardenberg【aut,cre】,Martha M.Cooper【ctb】
维护人员:Ashley J.Waardenberg<a.Waardenberg在gmail.com>
引文(从R中输入引文(“consensusDE”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“consensusDE”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“consensusDE”)
细节
生物视图 |
群集,多重比较,排序,软件,转录组学 |
版本 |
1.20.0 |
在生物导体中 |
生物技术3.8(R-3.5)(5.5年) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
R(>=3.5),生物遗传学 |
进口 |
气道,注释Dbi,生物并行,博科生物,生物串,数据表,右旋糖,DESeq2公司(>=1.2.0),EDASeq公司,集成数据库,边缘R,EnsDb公司。哈皮恩斯v86,基因组比对,基因组特征,利马,组织Hs.eg.db,pca方法、R Color Brewer、,Rsamtools软件,RUVSeq公司,S4载体,统计,总结性实验,发送数据库。梅勒诺加斯特。UCSC.dm3.ensGene公司,实用程序 |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
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查看更多
建议 |
knitr、rmarkdown |
链接到 |
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增强功能 |
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取决于我 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。