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ChIP分析仪

ChIP分析仪:预测转录因子结合位点


生物导体版本:释放(3.18)

ChIP分析仪是一个利用统计热力学模型预测和理解TF结合的软件包。该模型包括4个被认为驱动TF结合的主要因素:染色质状态、结合能、结合分子数量和调节TF结合亲和力的比例因子。综上所述,ChIPanalyzer生成类似ChIP-seq的剖面图,这些剖面图与实际ChIP-se数据中的模式非常相似。

作者:Patrick C.N.Martin和Nicolae Radu Zabet

维护人员:Patrick C.N.Martin<gmail.com上的pcnmartin>

引文(从R中输入引文(“ChIP分析仪”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“ChIP分析仪”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“ChIP分析仪”)
ChIPanalyzer用户指南 PDF格式 R脚本
ChIPanalyzer遗传算法用户指南 PDF格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 对齐,生物学问题,ChIPSeq公司,芯片上芯片,新闻报道,数据导入,峰值检测,序列匹配,排序,软件,转录,工作流步骤
版本 1.24.0
在生物导体中 生物技术3.6(R-3.4)(6.5年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=3.5.0),基因组范围,生物串,牛基因组,RcppRoll,并行
进口 方法,I范围,S4载体、grDevices、graphics、stats、utils、,rtracklayer公司、ROCR、Bioc经理,基因组信息Db、R彩色啤酒
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 ChI分析仪_1.24.0.tar.gz
Windows二进制 ChIP分析仪_1.24.0.zip
macOS二进制(x86_64) ChI分析仪_1.24.0.tgz
macOS二进制(arm64) ChI分析仪_1.24.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIP分析仪
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:软件包/ChIP分析仪
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/ChIP分析仪/
包短Url https://bioconductor.org/packages/ChIP分析仪/
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