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用于构建基于SQLite的注释数据包的工具


生物导体版本:释放(3.19)

提供用于生成Annotation包及其数据库的代码。所生成的包将与AnnotationDbi一起使用。

作者:Marc Carlson[aut]、HervéPagès[aut'、Madelyn Carlson[ctb](“创建探针包”vignette从Swave转换为Rmarkdown/HTML)、Bioconductor包维护者[cre]

维护人员:生物导体包维护者<Bioconductor.org上的维护者>

引文(从R中输入引文(“AnnotationForge”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“AnnotationForge”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“AnnotationForge”)
AnnotationForge:为自定义注释资源创建选择接口 PDF格式 R脚本
创建探测包 HTML格式 R脚本
制作新的有机体包装 HTML格式 R脚本
SQLForge:使用标准数据库模式创建新注释包的简单方法。 PDF格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 注释,基础设施,软件
版本 1.46.0
在生物导体中 生物技术2.11(R-2.15)(11.5年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=3.5.0),方法,实用程序,生物遗传学(>= 0.15.10),博科生物(>= 1.17.0),注释Dbi(>= 1.33.14)
进口 数据库接口、RSQLite、XML、,S4载体、RCurl
系统要求
网址 https://bioconductor.org/packages/AnnotationForge网站
错误报告 https://github.com/Bioconductor/AnnotationForge/issues网站
查看更多
建议 生物反应器,高温气冷堆,基因组信息Db(>= 1.17.1),生物串,阿菲,hgu95av2.db型,人.db0,组织Hs.eg.db,猿人,政府.db、降价、,生物风格,knitr,生物经理,生物文件缓存,RUnit(运行单位)
链接到
增强功能
取决于我
导入我 批注子数据,GGHumanMethCancer面板1.db,GOstats公司,ViSEAGO公司
建议我 注释Dbi,批注中心
指向我的链接
生成报告 生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 注释Forge_1.46.0.tar.gz
Windows二进制 注释Forge_1.46.0.zip
macOS二进制(x86_64) 注释Forge_1.46.0.tgz
macOS二进制(arm64) 注释Forge_1.46.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AnnotationForge网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/AnnotationForge
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/AnnotationForge网站/
程序包短Url https://bioconductor.org/packages/AnnotationForge网站/
软件包下载报告 下载统计信息