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MSnID(MSnID)

LC-MSn蛋白质组鉴定可信度的探索和评估实用程序


生物导体版本:释放(3.18)

从mzIdentML(利用mzID包)或文本文件中提取MS/MS ID数据。在对来自多个数据集的搜索结果进行排序后,它会评估其识别质量并优化筛选标准,以实现最大识别数,同时不超过指定的错误发现率。还包含一些实用程序,用于探索MS/MS结果,评估遗漏和不规则酶切、质量测量准确性等。

作者:Vlad Petyuk与Laurent Gatto的贡献

维护人员:弗拉德·佩特尤克(Vlad Petyuk)

引文(从R中输入引文(“MSnID”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“MSnID”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览Vignets(“MSnID”)
使用MSnID处理修改 PDF格式 R脚本
用于处理MS/MS标识的MSnID包 PDF格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 免疫肿瘤学质谱法蛋白质组学软件
版本 1.36.0
在生物导体中 生物技术3.0(R-3.1)(9.5年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=2.10),卢比
进口 M数据库(>= 1.12.1),mz标识(>=1.3.5)、R.cache、foreach、doParallel、parallel、methods、迭代器、data.table、,博科生物ProtGenerics公司,重塑2,dplyr,毫兹罗仿生风格msms测试、ggplot2、RUnit、,生物遗传学生物串、呜呜声、呼噜声、颤音、颤音,批注中心注释Dbi,xtable
系统要求
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 MSnID_1.36.0.tar.gz公司
Windows二进制 MSnID_1.36.0.zip文件
macOS二进制(x86_64) MSnID_1.36.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSnID
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/MSnID
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/MSnID/
包短Url https://bioconductor.org/packages/MSnID/
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