数据2

根据扩增子测序数据进行准确、高分辨率的样本推断

生物导体版本：释放（3.18）

dada2包从高通量扩增子测序数据中推断出精确的扩增子序列变体（ASV），取代了较粗和较低精度的OTU聚类方法。dada2管道将解复用后的fastq文件作为输入，并在删除替换错误和嵌合体错误后输出序列变量及其采样丰度。可以通过RDP朴素贝叶斯分类器的本地实现进行分类，并通过精确匹配对16S rRNA基因片段进行物种级分配。

作者：本杰明·卡拉汉（Benjamin Callahan）、保罗·麦克默迪（Paul McMurdie）、苏珊·霍姆斯（Susan Holmes）

维护人员：本杰明·卡拉汉（Benjamin Callahan）<Benjamin.j.Callahan at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“dada2”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“dada2”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览Vignette（“dada2”）

dada2简介	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

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细节

生物视图	分类,免疫肿瘤学,基因组,微生物组,排序,软件
版本	1.30.0
在生物导体中	生物多样性3.3（R-3.3）（8年）
许可证	LGPL-2型
取决于	R（>=3.4.0），Rcpp（>=0.12.0），方法（>=3.4）
进口	生物管柱（>=2.42.1），ggplot2（>=2.1.0），重塑2（>=1.4.1），ShortRead（短阅读）（>=1.32.0），Rcpp并联（>=4.3.0），并联（>=3.2.0），I范围(>= 2.6.0),十六矢量(>= 0.16.0),生物遗传学(>= 0.22.0)
系统要求	GNU品牌
统一资源定位地址	http://benjjneb.github.io/dada2/
错误报告	https://github.com/benjjneb/dada2/issues网站

建议	仿生风格、knitr、rmarkdown
链接到	Rcpp、Rcpp并行
增强功能
取决于我	其他Metabar
导入我	魁北克省
建议我	米娅
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	数据2_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	dada2_1.30.0.zip文件
macOS二进制（x86_64）	数据2_1.30.0.tgz
macOS二进制（arm64）	数据2_1.30.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dada2
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/dada2
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/dada2/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/dada2/
软件包下载报告	下载统计信息