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MS统计PTM

翻译后修饰的统计特征


生物导体版本:释放(3.18)

MSstatsPTM提供了定量描述翻译后修饰(PTM)的通用统计方法。支持DDA、DIA、SRM和串联质量标签(TMT)标签。通常,分析涉及PTM位点(即修饰残基)及其相应蛋白质的量化,以及量化结果的整合。MSstatsPTM提供了汇总、估算PTM站点丰度和检测PTM在实验条件下变化的功能。

作者:德文·科勒[aut,cre],Tsung-Heng Tsai[aut],Ting Huang[aut],Mateusz Staniak[aut',Meena Choi[aut]Olga Vitek[aut

维护人员:德文·科勒(Devon Kohler)<Kohler.d at东北部.edu>

引文(从R中输入引文(“MSstatsPTM”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“MSstatsPTM”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“MSstatsPTM”)
MSstatsPTM LabelFree工作流 HTML格式 R脚本
MSstatsPTM TMT工作流 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式

细节

生物视图 差异表达式,免疫肿瘤学,质谱法,规范化,一个频道,蛋白质组学,质量控制,软件,双通道
版本 2.4.4
在生物导体中 生物柴油3.12(R-4.0)(3.5年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=4.3)
进口 dplyr、gridExtra、stringr、stats、ggplot2、stringi、grDevices、,MSstatsTMT公司,MS统计转换,MS统计,数据表,Rcpp,生物串,将死,ggrest
系统要求
统一资源定位地址
错误报告 https://github.com/Vitek-Lab/MSstatsPTM/issues网站
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 MS统计PTM_2.4.4.tar.gz
Windows二进制 MSstatsPTM_2.4.4.zip
macOS二进制(x86_64) MS统计PTM_2.4.4.tgz
macOS二进制(arm64) MS统计PTM_2.4.4.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSstatsPTM网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/MSstatsPTM
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/MSstatsPTM网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/MSstatsPTM网站/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.18的旧源程序包 源存档