HiCDCPlus公司

Hi-C直拨电话Plus

生物导体版本：释放（3.19）

针对Hi-C和HiChIP的系统3D交互调用和差异分析。HiC-DC+（Hi-C/HiChIP直接调用程序+）软件包支持对Hi-C和HiChIP数据集进行原则性统计分析，包括在单个实验中调用重要交互作用，并在给定的重复实验条件之间执行差异分析，以促进全球综合研究。HiC-DC+直接从每个染色体的原始接触矩阵估计Hi-C或HiChIP实验中的显著交互作用，达到指定的基因组距离，由统一的基因组间隔或限制性内切酶片段结合，通过训练一个背景模型来解释随机聚合物连接和读取计数变化的系统来源。

作者：Merve Sahin[创作，创作]

维护人员：Merve Sahin<Merve.sahn at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“HiCDCPlus”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“HiCDCPlus”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“HiCDCPlus”）

用HiCDCPlus分析Hi-C和HiChIP数据	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	DNA3D结构，HiC公司，规范化，软件
版本	1.12.0
在生物导体中	生物化学3.13（R-4.1）（3年）
许可证	GPL-3型
取决于
进口	卢比，交互集，基因组相互作用、bbmle、pscl、，牛基因组，数据表，dplyr，tidyr，基因组信息数据库，rlang，花键，质量，基因组范围，I范围、tibble、R.utils、，生物串，rtracklayer公司、方法、，S4载体
系统要求	JRE 8型+
统一资源定位地址

建议	英国基因组。姆穆苏卢斯。UCSC毫米9，英国基因组。姆穆苏卢斯。UCSC毫米10，英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19，英国基因组。哈皮恩斯。加州大学旧金山分校hg38、RUnit、，生物遗传学、knitr、rmarkdown、，HiTC公司，设计2、矩阵、，生物文件缓存，说唱歌手
链接到	卢比
增强功能	平行
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	HiCDCPlus_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	HiCDCPlus_1.12.0.zip
macOS二进制（x86_64）	高CDCPlus_1.12.0.tgz
macOS二进制（arm64）	高CDC加_1.12.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HiCDCPlus
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/HiCDCPlus
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/HiCDCPlus/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/HiCDCPlus/
软件包下载报告	下载统计信息