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嗯哼

根据结构探测实验数据计算修改概率的计算管道


生物导体版本:释放(3.18)

这是一个概率建模管道,用于根据结构探测实验中收集的数据计算每核苷酸后验修改概率。该模型支持多个实验重复,并从经验上纠正覆盖率和序列依赖性偏差。该模型使用每个核苷酸的“脱落率”测量值,通过对数比率(LDR)在重复之间进行比较。对照复制品之间的LDR定义了偶然观察到的下降率变异性的零分布,并将处理和对照复制品之间的LDR与该分布进行比较。所得经验p值(从零分布“得出”的概率)用作隐马尔可夫模型中的观测值,贝塔均匀混合模型用作排放模型。由此产生的后验概率表示核苷酸在结构探测实验中被修饰的概率。

作者:阿里娜·塞莱加(alina.selega@gmail.com)、Sander Granneman、Guido Sanguinetti

维护人员:Alina Selega<Alina.Selega at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“BUMHMM”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“BUMHMM”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“BUMHMM”)
BUMHMM管道简介 PDF格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 贝叶斯主义者,分类,新闻报道,特征提取,基因表达式,基因调控,遗传变异性,遗传学,HiddenMarkov模型,免疫肿瘤学,RNA序列,回归,排序,软件,结构预测,转录,转录组学
版本 1.26.0
在生物导体中 生物活性炭3.5(R-3.4)(7年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=3.5.0)
进口 开发工具,字符串,gtools,stats,utils,总结性实验,生物串,I范围
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源程序包 BUMHMM_1.26.0.tar.gz公司
Windows二进制 BUMHMM_1.26.0.zip包
macOS二进制(x86_64) BUMHMM_1.26.0.tgz公司
macOS二进制(arm64) BUMHMM_1.26.0.tgz公司
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BUMHMM
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包裹/BUMHMM
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/BUMHMM网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/BUMHMM/
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