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InPAS公司

从RNA-seq数据中识别新的替代聚腺苷酸位点(PAS)


生物导体版本:释放(3.18)

选择性多腺苷酸化(APA)是发生在大多数人类基因中的重要转录后调控机制之一。InPAS有助于从RNA-Seq数据中发现新的APA位点和APA位点的差异使用。它利用cleanUpdTSeq通过删除虚假站点来微调已识别的APA站点。

作者:欧建宏[aut,cre],刘海波[aut],朱丽叶[aut]Lihua Julie Zhu,Sungmi M.Park[aut',Michael R.Green[aut]

维护人员:欧建宏(Jianhong Ou)<杜克教育学院的欧建宏>

引文(从R中输入引文(“InPAS”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“InPAS”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文件

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“InPAS”)
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新闻 文本

细节

生物视图 选择性聚腺苷化,聚腺苷酸化位点的差异使用,基因调控,转录组测序,软件,转录
版本 2.10.0
在生物导体中 生物技术3.1(R-3.2)(9年)
许可证 GPL(>=2)
取决于 R(>=3.5.0)
进口 注释Dbi、批处理工具、,博科生物,生物串,牛基因组,清理上TSeq、depmixS4、dplyr、flock、future、future.apply、,基因组信息Db,基因组范围,基因组特征,ggplot2,I范围,利马,magrittr,方法,并行,plyranges系列,预处理核心,读卡器,重塑2,RSQLite,统计,S4载体,实用程序
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 InPAS_2.10.0.tar.gz中
Windows二进制 InPAS_2.10.0.zip格式
macOS二进制(x86_64) InPAS_2.10.0.tgz公司
macOS二进制(arm64) InPAS_2.10.0.tgz公司
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InPAS
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:软件包/InPAS
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/InPAS网址/
程序包短Url https://bioconductor.org/packages/InPAS/
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