批注中心

客户端访问AnnotationHub资源


生物导体版本:释放(3.19)

此包提供Bioconductor AnnotationHub web资源的客户端。AnnotationHub网络资源提供了一个中心位置,在这里可以发现基因组文件(例如VCF、床、假发)和标准位置的其他资源(例如UCSC、Ensembl)。资源包括关于每个资源的元数据,例如文本描述、标记和修改日期。客户端创建并管理用户检索的文件的本地缓存,有助于快速和可复制的访问。

作者:生物导体组件维护者[cre]、马丁·摩根[aut]、马克·卡尔森[ctb]、丹·特南鲍姆[ctb]]、索纳利·阿罗拉[ctb]、瓦莱丽·奥伯凯恩[ctb]、凯拉·莫雷尔[ctb'、洛丽·谢泼德[aut]]

维护人员:生物导体包维护者<Bioconductor.org上的维护者>

引文(从R中输入引文(“AnnotationHub”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“AnnotationHub”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“注释中心”)
AnnotationHub:访问AnnotationHub Web服务 HTML格式 R脚本
AnnotationHub:AnnotationHub操作方法 HTML格式 R脚本
轮毂故障排除 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 数据导入,图形用户界面,基础设施,软件,第三方客户
版本 3.12.0
在生物导体中 生物技术2.12(R-3.0)(11.5年)
许可证 艺术-2.0
取决于 生物遗传学(>= 0.15.10),生物文件缓存(>= 1.5.1)
进口 实用程序、方法、grDevices、,RSQ网站,生物技术经理,生物版本,卷曲,说唱歌手,注释Dbi(>= 1.31.19),S4载体,高温气冷堆,山药,数字播放器
系统要求
统一资源定位地址
错误报告 https://github.com/Bioconductor/AnnotationHub/issues网站
查看更多
建议 I范围,基因组范围,基因组信息Db,变量注释,Rsamtools软件,rtracklayer公司,仿生风格,针织物,注释锻造,rBiopaxParser公司,RUnit(运行单位),txdb制造商,M数据库,毫兹罗,生物串,复合Db,珊瑚礁,集成数据库,总结性实验,实验中心,gdsfmt公司,rmarkdown公司,中心酒吧
链接到
增强功能 注释中心数据
取决于我 内收体R,注释中心数据,实验中心,希帕提亚,ipd数据库,LR电池,八度音阶,字母错误.v2023.hg19,AlphaMissense.v2023.hg38型,cadd.v1.6.hg19,球童.v1.6.hg38,EpiTxDb。Hs.hg38型,EpiTxDb。毫米10,EpiTxDb。Sc.sacCer3证书,欧洲路径数据库,基因组状态,org.Maxantus.db网站,相位cons30路。加州大学旧金山分校hg38,相位cons35路。UCSC毫米39,phyloP35途径。UCSC毫米39,rGenomeTracks数据,突触数据,UCSC重复遮罩,MetaGx乳房,MetaGx卵巢,NestLink公司,scMultiome公司,sesame数据,鞑靼,注释,排序、OSCA高级、OSCA基本、OSCA工作流、SingleRBook
导入我 注释器,阿泰纳,生物轮毂闪亮,循环RNA分析器,coMethDMR公司,cTRAP公司,自定义CMPdb,DMR类别,数据管理服务,EpiMix公司,表观突变子,前egulon,gDNAx公司,基因组得分,GRaNIE公司,GSEA基准,格瓦斯卡特,iSEEhub公司,MACSr公司,网格,元注释,MethReg公司,月光2R,MSnID(MSnID),OGRE公司,本体程序,正位体,部件CNV,心灵病学,普华永道,regutools公司,REMP公司,扫描MiRApp,sc注释器,scmeth公司,scTensor公司,单细胞TK,拼接向导,tximeta公司,乌拉尔西奇,AHLR底座,AHMeSHDbs公司,AHPathbank数据库,AHPubMedDbs公司,AHWikipathways数据库,备选拼接事件.hg19,可选拼接事件.hg38,EPICv2清单,grasp2db型,HPO.db(水电站数据库),代谢IDmapping,MPO.db公司,突触刀.db,加合数据,生物图像数据库,饼干商数据,细胞索引,芯片序列数据库数据,crisprScoreData公司,管理的宏基因组数据,管理PCaData,管理的TBData,管理的TCGA数据,depmap(深度映射),DropletTest文件,easierData公司,现场效应Crc,流排序。鲜血。EPIC公司,流排序。脐血组合450k,基因组分布数据,HCA数据,HiBED公司,HiContactsData(HiContacts数据),HMP16S数据,HMP2数据,mcsurvdata公司,MerfishData公司,MetaGx胰腺,鼠标老化数据,msigdb公司,矫形器数据,RLHub(RLHub),scpdata数据,scRNA序列,SFE数据,单细胞多模式,空间LIBD,MurisSenisData表,TENxBrain数据,TENxBUS数据,TENxPBMC数据,肺结核,TCGA工作流,RNAseqQC(核糖核酸序列质量控制),种子匹配R
建议我 AHMassBank公司,阿尔法MissenseR,汽车经济学,BgeeCall电话,生物OncoTK,芝加哥,ChIPpeakAnno公司,CINdex公司,clusterProfiler(群集探查器),CNV愤怒,可可,crisprViz公司,DNAshapeR公司,双雷达,ELMER公司,集成数据库,epiNEM公司,EpiTxDb公司,epivizr图表,epivizrData公司,事实R,基因组范围,格利玛,GOSemSim公司,HiCool公司,LRBaseDbi系列,琵琶,微波激射器,有条不紊的,MIRA公司,motif测试R,M数据库,多棱镜,空范围,有机体Dbi,绘图员,雷尔,重新计算甲基化,卫星,scTensor公司,西蒙娜,TCG生物链,TCGAutils公司,tidyCoverage公司,变量注释,x芯,AHEnsDbs公司,CTCF公司,编码器浏览器数据,排除物,gwascat数据,本体过程数据,BioPlex公司,CoSIAdata公司,协调的TCGA数据,高智商DEE2细胞分数,基因选择器,自动变焦器
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 注释Hub_3.12.0.tar.gz
Windows二进制 注释Hub_3.12.0.zip
macOS二进制(x86_64) 注释Hub_3.12.0.tgz
macOS二进制(arm64) 注释Hub_3.12.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AnnotationHub
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/AnnotationHub
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/AnnotationHub/
包短Url https://bioconductor.org/packages/AnnotationHub/
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