gdsfmt公司
核心阵列基因组数据结构(GDS)文件的R接口
生物导体版本:释放(3.18)
为核心基因组数据结构(GDS)数据文件提供高级R接口。GDS具有跨平台的可移植性,具有分层结构,可以存储多个具有元数据信息的可扩展的面向阵列的数据集。它适用于大规模数据集,尤其是远大于可用随机访问内存的数据。gdsfmt包提供了专门为小于8位的整数设计的高效操作,因为二倍体基因型,如单核苷酸多态性(SNP),通常占用的位少于一个字节。数据压缩和解压缩可以通过相对高效的随机访问实现。它还可以与包并行支持的多个R进程并行读取GDS文件。
作者:郑秀文[aut,cre]、Stephanie Gogarten[ctb]、Jean-loup Gailly和Mark Adler[ctb](对于包含的zlib源)、Yann Collet[ctb][对于包含的LZ4源)、xz贡献者[ctb][针对包含的liblzma源)
维护人员:郑秀文(Zheuwen Zheng)<zhengx at u.washington.edu>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)生物管理器::安装(“gdsfmt”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“gdsfmt”)
细节
查看更多
建议 |
平行、摘要、矩阵、蜡笔、RUnit、knitr、降价、降价,生物遗传学 |
链接到 |
|
增强功能 |
|
取决于我 |
大甜瓜,GDS阵列,RAIDS公司,SAIGEgds公司,SCArray公司,SeqArray序列,SNP关联 |
导入我 |
CNV愤怒,GBS清洁剂,起源,ggmanh公司,GWA工具,SCArray.sat公司,SeqSQC公司,SeqVarTools(序列变量工具),变型实验 |
建议我 |
批注Hub,HIBAG公司 |
指向我的链接 |
SeqArray序列,SNP关联 |
生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。