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gdsfmt公司

核心阵列基因组数据结构(GDS)文件的R接口


生物导体版本:释放(3.18)

为核心基因组数据结构(GDS)数据文件提供高级R接口。GDS具有跨平台的可移植性,具有分层结构,可以存储多个具有元数据信息的可扩展的面向阵列的数据集。它适用于大规模数据集,尤其是远大于可用随机访问内存的数据。gdsfmt包提供了专门为小于8位的整数设计的高效操作,因为二倍体基因型,如单核苷酸多态性(SNP),通常占用的位少于一个字节。数据压缩和解压缩可以通过相对高效的随机访问实现。它还可以与包并行支持的多个R进程并行读取GDS文件。

作者:郑秀文[aut,cre]、Stephanie Gogarten[ctb]、Jean-loup Gailly和Mark Adler[ctb](对于包含的zlib源)、Yann Collet[ctb][对于包含的LZ4源)、xz贡献者[ctb][针对包含的liblzma源)

维护人员:郑秀文(Zheuwen Zheng)<zhengx at u.washington.edu>

引文(从R中输入引文(“gdsfmt”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)生物管理器::安装(“gdsfmt”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“gdsfmt”)
GDS格式简介 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 数据导入,基础设施,软件
版本 1.38.0
在生物导体中 生物技术3.0(R-3.1)(9.5年)
许可证 LGPL-3型
取决于 R(>=2.15.0),方法
进口
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/zhengxwen/gdsfmt
错误报告 https://github.com/zhengxwen/gdsfmt/issues
查看更多
建议 平行、摘要、矩阵、蜡笔、RUnit、knitr、降价、降价,生物遗传学
链接到
增强功能
取决于我 大甜瓜,GDS阵列,RAIDS公司,SAIGEgds公司,SCArray公司,SeqArray序列,SNP关联
导入我 CNV愤怒,GBS清洁剂,起源,ggmanh公司,GWA工具,SCArray.sat公司,SeqSQC公司,SeqVarTools(序列变量工具),变型实验
建议我 批注Hub,HIBAG公司
指向我的链接 SeqArray序列,SNP关联
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 gdsfmt_1.38.0.tar.gz
Windows二进制 gdsfmt_1.38.0.zip
macOS二进制(x86_64) gdsfmt_1.38.0.tgz
macOS二进制(arm64) gdsfmt_1.38.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gdsfmt
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:软件包/gdsfmt
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/gdsfmt/
包短Url https://bioconductor.org/packages/gdsfmt/
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